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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 对接的分子用于分子动力学模拟的问题
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haiyanqian

木虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 870277182 at 2014-01-23 14:09:44
以前我也遇到过这种情况，一般要么就是你最小化跑的太短了，还有一种情况就是你计算RMSD的时候，选择的是哪一个group，你要是选整个蛋白的话，可能就会不稳定，要是全backbone或者Cα，就会相对稳定了...

我优化总共5000步，最陡下降法2500步，然后力是逐渐由500,50,5,0，这样子慢慢放开的。RMSD是整个蛋白的backbone的结果。
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11楼2014-01-23 14:39:32
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haiyanqian

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by smutao at 2014-01-23 11:38:19
侧链不完整 另外 缺少氨基酸
...

一般侧链不完整或者是缺失氨基酸的话跑动力学是会出错的，那些缺失的部分在进行动力学模拟之前都是需要补全才可以进行MD的。
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12楼2014-01-23 14:40:58
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孤独的皮特祁

新虫 (初入文坛)
你好能发一份sop给我吗，我不会分子动力学模拟
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13楼2022-01-04 17:20:10
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