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haiyanqian

木虫 (小有名气)

引用回帖:
10楼: Originally posted by 870277182 at 2014-01-23 14:09:44
以前我也遇到过这种情况,一般要么就是你最小化跑的太短了,还有一种情况就是你计算RMSD的时候,选择的是哪一个group,你要是选整个蛋白的话,可能就会不稳定,要是全backbone或者Cα,就会相对稳定了...

我优化总共5000步,最陡下降法2500步,然后力是逐渐由500,50,5,0,这样子慢慢放开的。RMSD是整个蛋白的backbone的结果。
11楼2014-01-23 14:39:32
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haiyanqian

木虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by smutao at 2014-01-23 11:38:19
侧链不完整 另外 缺少氨基酸
...

一般侧链不完整或者是缺失氨基酸的话跑动力学是会出错的,那些缺失的部分在进行动力学模拟之前都是需要补全才可以进行MD的。
12楼2014-01-23 14:40:58
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孤独的皮特祁

新虫 (初入文坛)

你好能发一份sop给我吗,我不会分子动力学模拟
13楼2022-01-04 17:20:10
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