应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 对接的分子用于分子动力学模拟的问题
132/2返回列表上一页12
查看: 3648  |  回复: 12
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

haiyanqian

木虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 870277182 at 2014-01-23 14:09:44
以前我也遇到过这种情况，一般要么就是你最小化跑的太短了，还有一种情况就是你计算RMSD的时候，选择的是哪一个group，你要是选整个蛋白的话，可能就会不稳定，要是全backbone或者Cα，就会相对稳定了...

我优化总共5000步，最陡下降法2500步，然后力是逐渐由500,50,5,0，这样子慢慢放开的。RMSD是整个蛋白的backbone的结果。
赞一下 回复此楼
11楼2014-01-23 14:39:32
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

haiyanqian

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by smutao at 2014-01-23 11:38:19
侧链不完整 另外 缺少氨基酸
...

一般侧链不完整或者是缺失氨基酸的话跑动力学是会出错的，那些缺失的部分在进行动力学模拟之前都是需要补全才可以进行MD的。
赞一下 回复此楼
12楼2014-01-23 14:40:58
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

孤独的皮特祁

新虫 (初入文坛)
你好能发一份sop给我吗，我不会分子动力学模拟
赞一下 回复此楼
13楼2022-01-04 17:20:10
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 haiyanqian 的主题更新
132/2返回列表上一页12
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭