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haiyanqian

木虫 (小有名气)

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[求助] 对接的分子用于分子动力学模拟的问题已有2人参与

我想请问一下大家，就是在用Amber进行分子动力学模拟的时候，对于没有晶体结构的分子，通过分子对接的方法将配体对接进去。然后用于动力学的模拟，比如说我进行了10ns 的分子动力学模拟，我后面取出最后的小分子构象，与最初的小分子对接的构象进行叠合，发现结构变化还是挺大的。我不知道这个结果是不是属于正常现象，跑完动力学的构象与之前得对接结果是会有差异的，还是说我最初的分子对接的构象就不合理呢？

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1楼 2014-01-20 16:52:59

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haiyanqian

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引用回帖:

10楼: Originally posted by 870277182 at 2014-01-23 14:09:44
以前我也遇到过这种情况，一般要么就是你最小化跑的太短了，还有一种情况就是你计算RMSD的时候，选择的是哪一个group，你要是选整个蛋白的话，可能就会不稳定，要是全backbone或者Cα，就会相对稳定了...

我优化总共5000步，最陡下降法2500步，然后力是逐渐由500,50,5,0，这样子慢慢放开的。RMSD是整个蛋白的backbone的结果。