24小时热门版块排行榜    

查看: 4230  |  回复: 12
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

haiyanqian

木虫 (小有名气)

[求助] 对接的分子用于分子动力学模拟的问题 已有2人参与

我想请问一下大家,就是在用Amber进行分子动力学模拟的时候,对于没有晶体结构的分子,通过分子对接的方法将配体对接进去。然后用于动力学的模拟,比如说我进行了10ns 的分子动力学模拟,我后面取出最后的小分子构象,与最初的小分子对接的构象进行叠合,发现结构变化还是挺大的。我不知道这个结果是不是属于正常现象,跑完动力学的构象与之前得对接结果是会有差异的,还是说我最初的分子对接的构象就不合理呢?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流 2014-01-23 16:23:05
引用回帖:
5楼: Originally posted by haiyanqian at 2014-01-22 22:00:01
对于我的有晶体结构的蛋白,在进行了50ns的动力学模拟之后,一般来说这么长时间了RMSD肯定是非常稳定了的,但是再后面继续跑,发现蛋白骨架的RMSD逐渐升高,请问一下这个可能是什么原因造成的呢?...

以前我也遇到过这种情况,一般要么就是你最小化跑的太短了,还有一种情况就是你计算RMSD的时候,选择的是哪一个group,你要是选整个蛋白的话,可能就会不稳定,要是全backbone或者Cα,就会相对稳定了
10楼2014-01-23 14:09:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-21 18:13:42
就是会有不一样的,你跑完模拟导出的构象,是最后一帧的构象,肯定会发生变化的,这是正常现象
2楼2014-01-21 14:39:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

haiyanqian

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 870277182 at 2014-01-21 14:39:25
就是会有不一样的,你跑完模拟导出的构象,是最后一帧的构象,肯定会发生变化的,这是正常现象

还有我想请问一下,就是对于有晶体结构,一般文献上面跑个几个ns蛋白的碳骨架还有口袋残基的RMSD基本上就很平了,而我那个一直不是很平。从结构上来看,我的蛋白口袋附近有个比较大的Loop区 ,您之前做动力学的时候有没有遇到过类似的这样的蛋白,后面是怎么做的呢?
3楼2014-01-22 10:01:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smutao

禁虫 (著名写手)


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-23 16:22:45
本帖内容被屏蔽

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2014-01-22 21:41:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 岩土工程学报什么时候才能终审完呐 25+3 yeager111 2026-08-10 4/200 2026-08-16 20:42 by tfang
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 6/300 2026-08-16 20:07 by 奶牛小黑
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +3 Tide man 2026-08-14 3/150 2026-08-16 17:47 by jurkat.1640
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +9 Ldrop2023 2026-08-13 9/450 2026-08-16 13:24 by wukun_007
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +11 家与远方 2026-08-10 16/800 2026-08-16 10:28 by ray43
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +6 wangze12014 2026-08-14 7/350 2026-08-15 20:12 by gltch
[基金申请] filecode +8 cratir 2026-08-14 12/600 2026-08-15 18:08 by zyfgau
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的,真有人买论文么?感觉没必要啊 +12 Tide man 2026-08-10 13/650 2026-08-15 16:34 by 氺木
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +10 majunge000 2026-08-10 13/650 2026-08-15 12:26 by hanpeng972
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] filecode +15 documentary 2026-08-10 17/850 2026-08-14 10:08 by kissu88
[基金申请] FileCode能看出啥? +10 要乐观耀哥 2026-08-10 32/1600 2026-08-14 09:37 by 要乐观耀哥
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
信息提示
请填处理意见