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[交流]
【求助】MS如何实现水分子与SiO2反应的分子动力学模拟过程（想得到Si-OH键）？
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1、MS Discover或Forcite模块（其它模块也可以）如何实现水分子（H2O）与SiO2反应的分子动力学过程（想得到Si-OH键）？如何放置水分子到SiO2表面？ 参考MS tutorial，直接把水分子粘贴放置到SiO2表面，但是Discover Dynamic后观察轨迹文件，没有任何水分子要与SiO2反应的迹象，没有形成Si-OH。 2、MS中如何实现将两片SiO2放置到一起？已使用方法：使用MS Build —> Build layer来将第一层放SiO2、第二层也放SiO2。但是用Discover模拟，查看轨迹文件没有任何形成Si-O-Si键的过程。 3、MS中把晶体形态的SiO2高温退火后得到的是否是非晶态的SiO2？如何实现高温退火处理，用的Forcite anneal是否可以做到？ 以上三个问题困扰小弟很久了，希望前辈们指点，十分感谢！ |
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1、Discover和Forcite两个模块中所支持的力场都是非反应性力场，其势能函数是不包括判断键的断裂和生成的，所以你模拟的过程没有发生化学反应； 2、原因同上，要想模拟化学反应分子动力学，可以选用GULP模块的反应性ReaxFF力场（MS6.0及以上版本）或使用量子计算动力学模拟（Dmol3模块、CASTEP模块）。ReaxFF力场的势函数类型和参数可以参考help文件中提供的三个参考文献（开发这个力场的人写的），不过我印象中这个力场可能不包括Si元素。MS软件又不支持对ReaxFF力场的修正，所以你可能只能使用量子计算来模拟这个反应过程，但这个计算会非常非常耗时。 3、我没做过高温相变 的模拟，，但是看过类似的文章，好像是根据通过退火动力学后晶体生长表面原子的有序性来判断非晶还是晶体的。 |
16楼2014-01-15 21:51:11
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算了，不想吐槽了，涉及到键断裂生成的过程除了反应力场和first principle没有别的选择，要得到历程除了动力学(dynamics)模拟，通过搜索过渡态进行反应动力学(kinetics)也是一种方案。对于first principle涉及到溶剂化问题能够减小计算量的方案可以是QM/MM，也可以采用SCRF（隐式溶剂化），或者采用DFTB的半经验方法来减小计算量。非金属体系CPMD也是好的选择。 “文献上说：将水分子随即放置到切割SiO2表面，跑动力学，然后就会生成Si-OH”，如果你确定文献是采用经典动力学做的，很大概率应该是采用了反应力场做的。 |
18楼2015-08-20 23:49:13
4楼2011-02-25 20:22:19
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wzbhit(金币+2):谢谢参与
zzy870720z(金币+2): 谢谢参与讨论 2011-02-26 14:11:51
wzbhit(金币+5): 2011-02-26 15:20:18
wzbhit(金币+2):谢谢参与
zzy870720z(金币+2): 谢谢参与讨论 2011-02-26 14:11:51
wzbhit(金币+5): 2011-02-26 15:20:18
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discover和forcite都是经典分子动力学，选用的力场或者叫做经验势进行的模拟，而这样的势函数有很大的局限性，不同的模型是不一定适用的。 建议：1以前是否有人采用经典分子动力学方法模拟过相同或者相似的反应，如果有，就用它用过的力场。或者采用量子分子动力学CPMD用赝势，模拟这个过程；个人认为键不是图上显示有就有，显示无就无 2同上，力场可能不合适 3额 这个没用过 不知道 |
6楼2011-02-26 13:04:32
11楼2011-04-05 21:43:53
15楼2014-01-15 16:51:45
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22楼2022-03-07 19:35:56
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朱红伟随14楼
2012-04-24 16:15
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