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Captain-Jack木虫 (著名写手)
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请问该如何放置水分子的位置 已有1人参与
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我遇到的情况是这样的：我在优化了一个巯基嘧啶的结构之后，在此优化的结构上放置两个水分子，我想对该含有两个水分子结构进行优化，优化之后进行溶剂模型计算，但是结果总是link died!求助高人指点我该如何放置水分子的位置，这里有什么经验吗？ 下面是我的输入文件和输出文件，请高人指点一下： 输入文件： %chk=0709-danti.chk # opt rb3lyp/3-21g scrf=(iefpcm,solvent=water) Title Card Required 0 1 C N 1 B1 C 2 B2 1 A1 C 3 B3 2 A2 1 D1 C 4 B4 3 A3 2 D2 N 5 B5 4 A4 3 D3 H 3 B6 2 A5 1 D4 H 4 B7 3 A6 2 D5 H 5 B8 4 A7 3 D6 S 1 B9 6 A8 5 D7 H 10 B10 1 A9 6 D8 O 2 B11 1 A10 6 D9 H 12 B12 2 A11 1 D10 H 12 B13 2 A12 1 D11 H 6 B14 5 A13 4 D12 O 6 B15 5 A14 4 D13 H 16 B16 6 A15 5 D14 B1 1.33729837 B2 1.33489571 B3 1.39127515 B4 1.39178158 B5 1.33357480 B6 1.08391194 B7 1.07958694 B8 1.08391198 B9 1.77501717 B10 1.34703407 B11 2.76179002 B12 0.96000000 B13 0.96000000 B14 1.95106756 B15 2.76712838 B16 0.96000000 A1 115.87807223 A2 122.55675280 A3 116.20319027 A4 122.46064025 A5 116.13326099 A6 121.87610534 A7 121.34501919 A8 114.65320941 A9 94.50568356 A10 135.64729676 A11 130.34532158 A12 24.73643354 A13 113.44247726 A14 101.27618386 A15 135.27444274 D1 -0.02266743 D2 0.00871986 D3 0.01407689 D4 -179.99090834 D5 -179.99152440 D6 179.97129450 D7 -179.99084011 D8 -179.95964736 D9 -176.70719641 D10 -155.43883834 D11 167.40668327 D12 173.75621615 D13 176.73521586 D14 -177.61369223 78.39 一下是输出文件的部分（发帖子有字数限制）： United Atom Topological Model (UA0 parameters set). Nord Group Hybr Charge Alpha Radius Bonded to 1 C * 0.00 1.00 1.925 N2 [s] N6 [s] S10 [s] 2 N * 0.00 1.00 1.830 C1 [s] C3 [s] 3 CH * 0.00 1.00 2.125 N2 [s] C4 [s] 4 CH * 0.00 1.00 2.125 C3 [s] C5 [s] 5 CH * 0.00 1.00 2.125 C4 [s] N6 [s] 6 N * 0.00 1.00 1.830 C1 [s] C5 [s] 10 SH * 0.00 1.00 2.217 C1 [s] 12 OH2 * 0.00 1.00 1.950 16 OH2 * 0.00 1.00 1.950 ------------------------------------------------------------------------------ Polarizable Continuum Model (PCM) ================================= Model : PCM. Atomic radii : UA0 (Simple United Atom Topological Model). Polarization charges : Total charges. Charge compensation : None. Solution method : Matrix inversion. Cavity : GePol (RMin=0.200 OFac=0.890). Default sphere list used, NSphG= 9. Tesserae with average area of 0.200 Ang**2. 1st derivatives : Analytical V*U(x)*V algorithm (CHGder, D1EAlg=0). Cavity 1st derivative terms included. Solvent : Water, Eps= 78.390000. ------------------------------------------------------------------------------ One-electron integrals computed using PRISM. NBasis= 101 RedAO= T NBF= 101 NBsUse= 101 1.00D-06 NBFU= 101 Initial guess read from the read-write file: Initial guess orbital symmetries: Occupied (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) Virtual (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) Harris functional with IExCor= 402 diagonalized for initial guess. ExpMin= 1.42D-01 ExpMax= 1.21D+03 ExpMxC= 1.21D+03 IAcc=1 IRadAn= 1 AccDes= 1.00D-06 HarFok: IExCor= 402 AccDes= 1.00D-06 IRadAn= 1 IDoV=1 ScaDFX= 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles. Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06. Requested convergence on energy=1.00D-06. No special actions if energy rises. Error on total polarization charges = 0.01105 SCF Done: E(RB+HF-LYP) = -811.071607516 A.U. after 12 cycles Convg = 0.1967D-08 -V/T = 2.0056 S**2 = 0.0000 -------------------------------------------------------------------- Variational PCM results ======================= Total free energy in solution: with all non electrostatic terms (a.u.) = -811.056227 -------------------------------------------------------------------- (Polarized solute)-Solvent (kcal/mol) = -18.69 -------------------------------------------------------------------- Cavitation energy (kcal/mol) = 24.68 Dispersion energy (kcal/mol) = -16.37 Repulsion energy (kcal/mol) = 1.34 Total non electrostatic (kcal/mol) = 9.65 -------------------------------------------------------------------- Partition over spheres: Sphere on Atom Surface Charge GEl GCav GDR 1 C1 2.92 -0.010 -0.01 0.64 -0.32 2 N2 2.13 0.009 -0.03 0.75 -0.23 3 C3 17.23 -0.089 -1.90 2.63 -1.78 4 C4 18.50 -0.081 -1.76 2.42 -1.81 5 C5 15.40 -0.068 -0.75 2.49 -1.58 6 N6 2.26 0.010 -0.07 0.81 -0.23 7 S10 34.99 0.047 -1.50 5.23 -3.54 8 O12 32.25 0.091 -5.37 4.91 -2.80 9 O16 31.14 0.106 -5.18 4.80 -2.74 Added spheres: 43.78 -0.026 -2.12 0.00 0.00 -------------------------------------------------------------------- D1PCM: PCM CHGder 1st derivatives, ID1Alg=0 FixD1E=F DoIter=F I1PDM=0. AlVUxV allocation failure: iend,mxcore= 6249040 6162637 Error termination via Lnk1e in C:\G03W\l701.exe at Wed Jul 13 15:08:31 2011. Job cpu time: 0 days 0 hours 13 minutes 44.0 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 198 Int= 0 D2E= 0 Chk= 12 Scr= 1 |
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恩，是，可是这样就是把两个水分子和目标分子，这3个分子作为一个整体，研究的就不是目标原子了，比如研究溶剂化能，那样就是是3个分子一起的溶剂化能了。 我还有一个问题 我计算水分子的溶剂化能 # opt freq B3lyp/6-31+g** scrf(read,pcm) nosymmetry water 0 1 O 0.3641 0.8512 0.0044 H 1.3027 0.5862 0.0046 H 0.1254 1.7967 0.0075 RADII=UAHF EPS=78.3 DENSITY=1.0 scfvac 用Gaussian03算的，输出中/Delta <psi(f)|H+V(f)/2|psi(f)> (a.u.) = -76.446321 Total free energy in solution: with all non electrostatic terms (a.u.) = -76.616426 -------------------------------------------------------------------- (Unpolarized solute)-Solvent (kcal/mol) = -6.97 (Polarized solute)-Solvent (kcal/mol) = -8.65 Solute polarization (kcal/mol) = 0.88 Total electrostatic (kcal/mol) = -7.76 -------------------------------------------------------------------- Cavitation energy (kcal/mol) = 4.45 Dispersion energy (kcal/mol) = -154.93 Repulsion energy (kcal/mol) = 43.74 Total non electrostatic (kcal/mol) = -106.74 DeltaG (solv) (kcal/mol) = -114.51 我的是-114.51Kcal/mol 文献中是-6.3Kcal/mol 不知道我哪里错了 用Gaussian09算溶剂化能又没有DeltaG项，我是分别算了溶剂中的和气相中的，用两个能量相减得到溶剂化的，结果倒是比较温和，可是不知道行不行 |
9楼2014-09-12 08:36:59
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