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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 请问该如何放置水分子的位置
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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Captain-Jack

木虫 (著名写手)

[求助] 请问该如何放置水分子的位置 已有1人参与

我遇到的情况是这样的：我在优化了一个巯基嘧啶的结构之后，在此优化的结构上放置两个水分子，我想对该含有两个水分子结构进行优化，优化之后进行溶剂模型计算，但是结果总是link died!求助高人指点我该如何放置水分子的位置，这里有什么经验吗？
下面是我的输入文件和输出文件，请高人指点一下：
输入文件：
%chk=0709-danti.chk
# opt rb3lyp/3-21g scrf=(iefpcm,solvent=water)

Title Card Required

0 1
C
N                  1              B1
C                  2              B2    1              A1
C                  3              B3    2              A2    1              D1
C                  4              B4    3              A3    2              D2
N                  5              B5    4              A4    3              D3
H                  3              B6    2              A5    1              D4
H                  4              B7    3              A6    2              D5
H                  5              B8    4              A7    3              D6
S                  1              B9    6              A8    5              D7
H                 10             B10    1              A9    6              D8
O                  2             B11    1             A10    6              D9
H                 12             B12    2             A11    1             D10
H                 12             B13    2             A12    1             D11
H                  6             B14    5             A13    4             D12
O                  6             B15    5             A14    4             D13
H                 16             B16    6             A15    5             D14

   B1             1.33729837
   B2             1.33489571
   B3             1.39127515
   B4             1.39178158
   B5             1.33357480
   B6             1.08391194
   B7             1.07958694
   B8             1.08391198
   B9             1.77501717
   B10            1.34703407
   B11            2.76179002
   B12            0.96000000
   B13            0.96000000
   B14            1.95106756
   B15            2.76712838
   B16            0.96000000
   A1           115.87807223
   A2           122.55675280
   A3           116.20319027
   A4           122.46064025
   A5           116.13326099
   A6           121.87610534
   A7           121.34501919
   A8           114.65320941
   A9            94.50568356
   A10          135.64729676
   A11          130.34532158
   A12           24.73643354
   A13          113.44247726
   A14          101.27618386
   A15          135.27444274
   D1            -0.02266743
   D2             0.00871986
   D3             0.01407689
   D4          -179.99090834
   D5          -179.99152440
   D6           179.97129450
   D7          -179.99084011
   D8          -179.95964736
   D9          -176.70719641
   D10         -155.43883834
   D11          167.40668327
   D12          173.75621615
   D13          176.73521586
   D14         -177.61369223

78.39
一下是输出文件的部分（发帖子有字数限制）：
United Atom Topological Model (UA0  parameters set).
  Nord Group  Hybr  Charge Alpha Radius          Bonded to
    1   C     *     0.00   1.00  1.925   N2   [s]  N6   [s]  S10  [s]
    2   N     *     0.00   1.00  1.830   C1   [s]  C3   [s]
    3   CH    *     0.00   1.00  2.125   N2   [s]  C4   [s]
    4   CH    *     0.00   1.00  2.125   C3   [s]  C5   [s]
    5   CH    *     0.00   1.00  2.125   C4   [s]  N6   [s]
    6   N     *     0.00   1.00  1.830   C1   [s]  C5   [s]
   10   SH    *     0.00   1.00  2.217   C1   [s]
   12   OH2   *     0.00   1.00  1.950
   16   OH2   *     0.00   1.00  1.950
------------------------------------------------------------------------------
Polarizable Continuum Model (PCM)
=================================
Model                : PCM.
Atomic radii         : UA0 (Simple United Atom Topological Model).
Polarization charges : Total charges.
Charge compensation  : None.
Solution method      : Matrix inversion.
Cavity               : GePol (RMin=0.200 OFac=0.890).
                        Default sphere list used, NSphG=    9.
                        Tesserae with average area of 0.200 Ang**2.
1st derivatives      : Analytical V*U(x)*V algorithm (CHGder, D1EAlg=0).
                        Cavity 1st derivative terms included.
Solvent              : Water, Eps=  78.390000.
------------------------------------------------------------------------------
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis=   101 RedAO= T  NBF=   101
NBsUse=   101 1.00D-06 NBFU=   101
Initial guess read from the read-write file:
Initial guess orbital symmetries:
       Occupied  (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A)
       Virtual   (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A)
Harris functional with IExCor=  402 diagonalized for initial guess.
ExpMin= 1.42D-01 ExpMax= 1.21D+03 ExpMxC= 1.21D+03 IAcc=1 IRadAn=         1 AccDes= 1.00D-06
HarFok:  IExCor= 402 AccDes= 1.00D-06 IRadAn=         1 IDoV=1
ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Error on total polarization charges =  0.01105
SCF Done:  E(RB+HF-LYP) =  -811.071607516     A.U. after   12 cycles
             Convg  =    0.1967D-08             -V/T =  2.0056
             S**2   =   0.0000
--------------------------------------------------------------------
Variational PCM results
=======================
                     (a.u.) =    -811.041827
                     (a.u.) =    -811.071608
Total free energy in solution:
  with all non electrostatic terms            (a.u.) =    -811.056227
--------------------------------------------------------------------
(Polarized solute)-Solvent               (kcal/mol) =     -18.69
--------------------------------------------------------------------
Cavitation energy                        (kcal/mol) =      24.68
Dispersion energy                        (kcal/mol) =     -16.37
Repulsion energy                         (kcal/mol) =       1.34
Total non electrostatic                  (kcal/mol) =       9.65
--------------------------------------------------------------------
Partition over spheres:
Sphere  on Atom  Surface  Charge   GEl     GCav    GDR
    1      C1       2.92  -0.010   -0.01    0.64   -0.32
    2      N2       2.13   0.009   -0.03    0.75   -0.23
    3      C3      17.23  -0.089   -1.90    2.63   -1.78
    4      C4      18.50  -0.081   -1.76    2.42   -1.81
    5      C5      15.40  -0.068   -0.75    2.49   -1.58
    6      N6       2.26   0.010   -0.07    0.81   -0.23
    7      S10     34.99   0.047   -1.50    5.23   -3.54
    8      O12     32.25   0.091   -5.37    4.91   -2.80
    9      O16     31.14   0.106   -5.18    4.80   -2.74
Added spheres:    43.78  -0.026   -2.12    0.00    0.00
--------------------------------------------------------------------
D1PCM: PCM CHGder 1st derivatives, ID1Alg=0 FixD1E=F DoIter=F I1PDM=0.
AlVUxV allocation failure:  iend,mxcore=   6249040   6162637
Error termination via Lnk1e in C:\G03W\l701.exe at Wed Jul 13 15:08:31 2011.
Job cpu time:  0 days  0 hours 13 minutes 44.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    198 Int=      0 D2E=      0 Chk=     12 Scr=      1
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1楼 2011-07-13 15:24:22
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
★ ★
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-07-13 18:46:51
数组初始化错误，表明默认的6MW不够，尝试用%mem加大内存上限
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-07-13 16:48:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bubuweiying

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2011-07-13 16:48:44:
数组初始化错误，表明默认的6MW不够，尝试用%mem加大内存上限

你好，我的%mem设置为4GB，也是出现Failed in SchOr1 in NBStor.
Error termination via Lnk1e in /public/software/qchem/g03/l607.exe at Sat Jul  9 07:44:51 2011.这样的错误，请帮忙解决下啊，谢谢了
赞一下 回复此楼
春天花会开！
3楼2011-08-18 20:31:03
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
★ ★
zhou2009(金币+2): 2011-09-18 15:07:24
引用回帖:
3楼: Originally posted by bubuweiying at 2011-08-18 20:31:03:
你好，我的%mem设置为4GB，也是出现Failed in SchOr1 in NBStor.
Error termination via Lnk1e in /public/software/qchem/g03/l607.exe at Sat Jul  9 07:44:51 2011.这样的错误，请帮忙解决下啊，谢谢了

关闭NBO分析。
如果必须做NBO分析，可以改用gennbo5
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-08-19 15:28:18
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蓝雪纷飞

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

Captain-Jack(金币+1): 谢谢提问，其实我也是从师兄那里得来的经验，即使你放置的是一个水，也要加solvent=water，因为一个是因为水分子小，另一个是如果你不加这个关键词，程序在计算的时候是不会当做溶剂来算的，而是将水和溶质分子当做一个整体来算的，这个是和溶剂模型的原理是不同的 2011-10-28 08:02:43
本人刚接触溶剂化效应，对这方面不太懂。想请教一下楼主：为什么加了两个水分子后还要加solvent=water？那两个水分子不也是溶剂的一部分吗？这样做的目的是什么呢？
赞一下 回复此楼
5楼2011-10-27 20:54:17
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Captain-Jack

木虫 (著名写手)
引用回帖:
1487477楼: Originally posted by 蓝雪纷飞 at 2011-10-27 20:54:17:
本人刚接触溶剂化效应，对这方面不太懂。想请教一下楼主：为什么加了两个水分子后还要加solvent=water？那两个水分子不也是溶剂的一部分吗？这样做的目的是什么呢？

因为在计算水的时候，即使你加了水分子，但是也必须要写上那个关键字，因为程序认为，如果不加的话，就当做一个大分子给你计算了。结果就相差比较大了
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6楼2012-05-24 08:30:50
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yaoyao-4921

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by Captain-Jack at 2012-05-24 08:30:50
因为在计算水的时候，即使你加了水分子，但是也必须要写上那个关键字，因为程序认为，如果不加的话，就当做一个大分子给你计算了。结果就相差比较大了...

那你利用PCM了，为什么还要加水分子
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7楼2014-09-11 17:16:04
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yongleli

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by yaoyao-4921 at 2014-09-11 17:16:04
那你利用PCM了，为什么还要加水分子...

PCM是一个平均场，对局部的solvation effect描述不准。
加两个水，就是要准确模拟局部微环境对溶质的影响。
这东西叫microsolvation，是目前一个热门。
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8楼2014-09-12 07:29:30
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yaoyao-4921

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by yongleli at 2014-09-12 07:29:30
PCM是一个平均场，对局部的solvation effect描述不准。
加两个水，就是要准确模拟局部微环境对溶质的影响。
这东西叫microsolvation，是目前一个热门。...

恩，是，可是这样就是把两个水分子和目标分子，这3个分子作为一个整体，研究的就不是目标原子了，比如研究溶剂化能，那样就是是3个分子一起的溶剂化能了。
我还有一个问题
我计算水分子的溶剂化能
# opt freq B3lyp/6-31+g** scrf(read,pcm)
nosymmetry

water

0 1
O        0.3641    0.8512    0.0044
H        1.3027    0.5862    0.0046
H        0.1254    1.7967    0.0075

RADII=UAHF
EPS=78.3
DENSITY=1.0
scfvac
用Gaussian03算的，输出中/Delta
<psi(f)|H+V(f)/2|psi(f)>                     (a.u.) =     -76.446321
Total free energy in solution:
  with all non electrostatic terms            (a.u.) =     -76.616426
--------------------------------------------------------------------
(Unpolarized solute)-Solvent             (kcal/mol) =      -6.97
(Polarized solute)-Solvent               (kcal/mol) =      -8.65
Solute polarization                      (kcal/mol) =       0.88
Total electrostatic                      (kcal/mol) =      -7.76
--------------------------------------------------------------------
Cavitation energy                        (kcal/mol) =       4.45
Dispersion energy                        (kcal/mol) =    -154.93
Repulsion energy                         (kcal/mol) =      43.74
Total non electrostatic                  (kcal/mol) =    -106.74
DeltaG (solv)                            (kcal/mol) =    -114.51
我的是-114.51Kcal/mol         文献中是-6.3Kcal/mol
不知道我哪里错了
用Gaussian09算溶剂化能又没有DeltaG项，我是分别算了溶剂中的和气相中的，用两个能量相减得到溶剂化的，结果倒是比较温和，可是不知道行不行
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9楼2014-09-12 08:36:59
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Captain-Jack

木虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by yaoyao-4921 at 2014-09-12 08:36:59
恩，是，可是这样就是把两个水分子和目标分子，这3个分子作为一个整体，研究的就不是目标原子了，比如研究溶剂化能，那样就是是3个分子一起的溶剂化能了。
我还有一个问题
我计算水分子的溶剂化能
# opt freq B ...

哎，我一毕业就把这些东西给还回去了……
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10楼2014-09-12 22:24:33
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