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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何判断加多少个水分子？？？
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astringent

铜虫 (著名写手)

[求助] 如何判断加多少个水分子？？？

初学模拟，有一问题不解。请问对于一定体系，如何判断加多少水分子合适啊？有具体的计算方法？还是凭感觉？？
请大家赐教，不甚感激
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1楼 2011-10-11 04:51:29
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-10-13 13:08:55
astringent(金币+2): 2011-10-14 06:49:56
我的标准是水分子要把蛋白分子完全包住，加完水后检查一下。
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2楼2011-10-12 15:27:37
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astringent

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yyuan8658 at 2011-10-12 15:27:37:
我的标准是水分子要把蛋白分子完全包住，加完水后检查一下。

那在加水的过程中怎么看呢？是每次加50个水，然后用看图软件看看包没包住吗？还是有具体计算方法？谢谢
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3楼2011-10-14 06:51:28
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jackyma

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-10-17 13:27:05
我觉得最好看和你研究想关的文献别人加多少水，你也类似。二楼的说法也合理。
另外问一下你用的什么软件？
amber的话，用leap给系统加水盒子，指定水盒子厚度后（9－12）leap自动会根据你的蛋白质大小确定水分子的数量。
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4楼2011-10-17 12:24:24
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