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astringent

铜虫 (著名写手)

[求助] 如何判断加多少个水分子???

初学模拟,有一问题不解。请问对于一定体系,如何判断加多少水分子合适啊?有具体的计算方法?还是凭感觉??
请大家赐教,不甚感激
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-10-13 13:08:55
astringent(金币+2): 2011-10-14 06:49:56
我的标准是水分子要把蛋白分子完全包住,加完水后检查一下。
2楼2011-10-12 15:27:37
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astringent

铜虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yyuan8658 at 2011-10-12 15:27:37:
我的标准是水分子要把蛋白分子完全包住,加完水后检查一下。

那在加水的过程中怎么看呢?是每次加50个水,然后用看图软件看看包没包住吗?还是有具体计算方法?谢谢
3楼2011-10-14 06:51:28
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jackyma

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-10-17 13:27:05
我觉得最好看和你研究想关的文献别人加多少水,你也类似。二楼的说法也合理。
另外问一下你用的什么软件?
amber的话,用leap给系统加水盒子,指定水盒子厚度后(9-12)leap自动会根据你的蛋白质大小确定水分子的数量。
4楼2011-10-17 12:24:24
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