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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » VMD 统计某个分子周围水分子数目随时间的变化
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xiaoyingw

金虫 (小有名气)

[求助] VMD 统计某个分子周围水分子数目随时间的变化

请问大家，VMD 怎么统计某个分子10埃范围内水分子数目随时间的变化？
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向前冲！！！
1楼 2011-10-18 16:47:14
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liqingwen

木虫 (正式写手)

独行者

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5): 谢谢 2011-10-18 20:15:17
xiaoyingw(金币+20): 2011-10-19 11:15:00
试试这个脚本吧：
set outfile [open ***.dat w];                                             
set nf [molinfo top get numframes]
   for { set i 1 } { $i<=$nf } { incr i 1} {
         set atom [atomselect top "该分子10A以内的水分子"]   
         $atom  frame  $i
         $atom  update   
         set com  [$atom num]
         puts $outfile "$i  $com"
         }
close $outfile
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没有雨伞的孩子只能奔跑！
2楼2011-10-18 18:10:54
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wally8962

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

set atom [atomselect top "该分子10A以内的水分子"]   

这是什么智能语言啊？
赞一下 回复此楼
3楼2011-10-19 09:36:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoyingw

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liqingwen at 2011-10-18 18:10:54:
试试这个脚本吧：
set outfile [open ***.dat w];                                             
set nf [molinfo top get numframes]
   for { set i 1 } { $i<=$nf } { incr i 1} {
         set atom  ...

非常感谢，很实用
回复此楼
向前冲！！！
4楼2011-10-19 11:14:47
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xiaoyingw

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liqingwen at 2011-10-18 18:10:54:
试试这个脚本吧：
set outfile [open ***.dat w];                                             
set nf [molinfo top get numframes]
   for { set i 1 } { $i<=$nf } { incr i 1} {
         set atom  ...

我想问一下，这个脚本算的时候，比如相邻的两个原子，他会不会重复算他们周围的水分子数
赞一下 回复此楼
向前冲！！！
5楼2011-11-29 11:24:03
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nnipp

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wally8962 at 2011-10-19 09:36:46:
set atom [atomselect top "该分子10A以内的水分子"]   

这是什么智能语言啊？

弱弱的同问一下lz
这是什么意思
赞一下 回复此楼
功不唐捐
6楼2011-11-29 11:28:46
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xiaoyingw

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by nnipp at 2011-11-29 11:28:46:
弱弱的同问一下lz
这是什么意思

翻译成英文的就行了
赞一下 回复此楼
向前冲！！！
7楼2011-11-30 08:42:30
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nnipp

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by xiaoyingw at 2011-11-30 08:42:30:
翻译成英文的就行了

脚本看不懂
这一句是起说明作用吗？如果是具体哪一句定义了10A以内呢？
谢谢lz内心解答
赞一下 回复此楼
功不唐捐
8楼2011-11-30 10:28:38
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xwwjd

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liqingwen at 2011-10-18 18:10:54
试试这个脚本吧：
set outfile ;                                             
set nf
   for { set i 1 } { $i<=$nf } { incr i 1} {
         set atom   
         $atom  frame  $i
         $atom   ...

脚本没看懂，如果要统计一个分子在一定范围内水分的个数，也可以用这个脚本？
赞一下 回复此楼
你一会看云，一会看我，我觉得你看云时很近，看我时很远。。。
9楼2014-09-25 20:09:18
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xwwjd

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liqingwen at 2011-10-18 18:10:54
试试这个脚本吧：
set outfile ;                                             
set nf
   for { set i 1 } { $i<=$nf } { incr i 1} {
         set atom   
         $atom  frame  $i
         $atom   ...

你好，请问下你这个脚本有没有考虑它的周期性呢，如果分子运动到盒子边界处，那它周围的水分子数岂不是减少了？因为我想看看该分子第一水合层的水分子数目的变化。
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你一会看云，一会看我，我觉得你看云时很近，看我时很远。。。
10楼2015-01-19 11:13:35
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