应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » VMD 统计某个分子周围水分子数目随时间的变化
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
101/1返回列表
查看: 4190  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xiaoyingw

金虫 (小有名气)

[求助] VMD 统计某个分子周围水分子数目随时间的变化

请问大家，VMD 怎么统计某个分子10埃范围内水分子数目随时间的变化？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

编程 VMD 可视化软件

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
向前冲！！！
1楼 2011-10-18 16:47:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liqingwen

木虫 (正式写手)

独行者

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5): 谢谢 2011-10-18 20:15:17
xiaoyingw(金币+20): 2011-10-19 11:15:00
试试这个脚本吧：
set outfile [open ***.dat w];                                             
set nf [molinfo top get numframes]
   for { set i 1 } { $i<=$nf } { incr i 1} {
         set atom [atomselect top "该分子10A以内的水分子"]   
         $atom  frame  $i
         $atom  update   
         set com  [$atom num]
         puts $outfile "$i  $com"
         }
close $outfile
赞一下(1人) 回复此楼
没有雨伞的孩子只能奔跑！
2楼2011-10-18 18:10:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wally8962

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

set atom [atomselect top "该分子10A以内的水分子"]   

这是什么智能语言啊？
赞一下 回复此楼
3楼2011-10-19 09:36:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoyingw

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liqingwen at 2011-10-18 18:10:54:
试试这个脚本吧：
set outfile [open ***.dat w];                                             
set nf [molinfo top get numframes]
   for { set i 1 } { $i<=$nf } { incr i 1} {
         set atom  ...

非常感谢，很实用
回复此楼
向前冲！！！
4楼2011-10-19 11:14:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoyingw

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liqingwen at 2011-10-18 18:10:54:
试试这个脚本吧：
set outfile [open ***.dat w];                                             
set nf [molinfo top get numframes]
   for { set i 1 } { $i<=$nf } { incr i 1} {
         set atom  ...

我想问一下，这个脚本算的时候，比如相邻的两个原子，他会不会重复算他们周围的水分子数
赞一下 回复此楼
向前冲！！！
5楼2011-11-29 11:24:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nnipp

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wally8962 at 2011-10-19 09:36:46:
set atom [atomselect top "该分子10A以内的水分子"]   

这是什么智能语言啊？

弱弱的同问一下lz
这是什么意思
赞一下 回复此楼
功不唐捐
6楼2011-11-29 11:28:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoyingw

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by nnipp at 2011-11-29 11:28:46:
弱弱的同问一下lz
这是什么意思

翻译成英文的就行了
赞一下 回复此楼
向前冲！！！
7楼2011-11-30 08:42:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nnipp

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by xiaoyingw at 2011-11-30 08:42:30:
翻译成英文的就行了

脚本看不懂
这一句是起说明作用吗？如果是具体哪一句定义了10A以内呢？
谢谢lz内心解答
赞一下 回复此楼
功不唐捐
8楼2011-11-30 10:28:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xwwjd

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liqingwen at 2011-10-18 18:10:54
试试这个脚本吧：
set outfile ;                                             
set nf
   for { set i 1 } { $i<=$nf } { incr i 1} {
         set atom   
         $atom  frame  $i
         $atom   ...

脚本没看懂，如果要统计一个分子在一定范围内水分的个数，也可以用这个脚本？
赞一下 回复此楼
你一会看云，一会看我，我觉得你看云时很近，看我时很远。。。
9楼2014-09-25 20:09:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xwwjd

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liqingwen at 2011-10-18 18:10:54
试试这个脚本吧：
set outfile ;                                             
set nf
   for { set i 1 } { $i<=$nf } { incr i 1} {
         set atom   
         $atom  frame  $i
         $atom   ...

你好，请问下你这个脚本有没有考虑它的周期性呢，如果分子运动到盒子边界处，那它周围的水分子数岂不是减少了？因为我想看看该分子第一水合层的水分子数目的变化。
赞一下 回复此楼
你一会看云，一会看我，我觉得你看云时很近，看我时很远。。。
10楼2015-01-19 11:13:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xiaoyingw 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料工程302分求调剂 +8 zyx上岸！ 2026-04-04 8/400 2026-04-05 18:48 by 蓝云思雨
[考研] 材料专硕 调剂 +14 CXN123456 2026-04-03 14/700 2026-04-05 17:18 by Hdyxbekcb
[考研] 085600调剂 +9 东照照照 2026-04-04 9/450 2026-04-05 13:44 by ujn_zhuj
[考研] 318求调剂 +11 ykyhsa 2026-04-05 13/650 2026-04-05 12:44 by aidndnjck
[考研] 070300化学求调剂 +17 小黄鸭宝 2026-03-30 17/850 2026-04-05 12:03 by 宁馨哈哈
[考研] 0854求调剂 +4 assdll 2026-04-03 4/200 2026-04-04 22:17 by hemengdong
[考研] 282电子信息0854专硕调剂 +4 202451007219 2026-04-02 6/300 2026-04-04 21:55 by laoshidan
[考研] 277工科求调剂 +7 1915668 2026-04-04 7/350 2026-04-04 17:21 by 啊俊！
[考研] 280求调剂 +21 咕噜晓晓 2026-04-02 22/1100 2026-04-04 11:12 by 猪会飞
[考研] 387求调剂 +4 爱吃片豆土 2026-04-03 5/250 2026-04-04 08:10 by 岸上的一条鱼
[考研] 305求调剂 +3 77Qi 2026-04-03 3/150 2026-04-03 23:01 by qzxyhcsy
[考研] 266分，一志愿电气工程，本科材料，求材料专业调剂 +9 哇呼哼呼哼 2026-04-02 9/450 2026-04-03 12:05 by 1753564080
[考研] 320求调剂 +3 农业工程与信息� 2026-04-03 3/150 2026-04-03 11:40 by 土木硕士招生
[考研] 求调剂 302分初试 0854 +5 伶可乐 2026-04-02 5/250 2026-04-02 17:53 by 笔落锦州
[考研] 301求调剂 +4 细胞相关蛋白 2026-04-02 8/400 2026-04-02 16:30 by 271179835
[考研] 354求调剂 +4 lxb598 2026-03-31 5/250 2026-04-02 09:55 by Jaylen.
[考研] 298求调剂 +4 什么是胖头鱼 2026-03-30 6/300 2026-04-01 22:06 by 客尔美德
[考研] 296求调剂 +4 汪！？！ 2026-03-31 7/350 2026-04-01 22:04 by 客尔美德
[考研] 求调剂0703 +5 周嘉尧 2026-03-31 8/400 2026-04-01 20:32 by ltltkkk
[考研] 本2一志愿C9-333分，材料科学与工程，求调剂 +9 升升不降 2026-03-31 9/450 2026-03-31 18:01 by 无际的草原
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭