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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » VMD 统计某个分子周围水分子数目随时间的变化
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xiaoyingw

金虫 (小有名气)

[求助] VMD 统计某个分子周围水分子数目随时间的变化

请问大家，VMD 怎么统计某个分子10埃范围内水分子数目随时间的变化？
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向前冲！！！
1楼 2011-10-18 16:47:14
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xiaoyingw

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liqingwen at 2011-10-18 18:10:54:
试试这个脚本吧：
set outfile [open ***.dat w];                                             
set nf [molinfo top get numframes]
   for { set i 1 } { $i<=$nf } { incr i 1} {
         set atom  ...

非常感谢，很实用
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向前冲！！！
4楼2011-10-19 11:14:47
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xiaoyingw

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liqingwen at 2011-10-18 18:10:54:
试试这个脚本吧：
set outfile [open ***.dat w];                                             
set nf [molinfo top get numframes]
   for { set i 1 } { $i<=$nf } { incr i 1} {
         set atom  ...

我想问一下，这个脚本算的时候，比如相邻的两个原子，他会不会重复算他们周围的水分子数
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向前冲！！！
5楼2011-11-29 11:24:03
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xiaoyingw

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by nnipp at 2011-11-29 11:28:46:
弱弱的同问一下lz
这是什么意思

翻译成英文的就行了
赞一下 回复此楼
向前冲！！！
7楼2011-11-30 08:42:30
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