1楼: Originally posted by yuelingxiao at 2011-10-22 10:39:55:
小弟DPD初学者，请教其初始条件是如何实现的。
在分子动力学中，常用的初始条件可以选为：(1)令初始位置在差分划分网格的格子上，初始速度则从玻尔兹曼分布随机抽样得到。（2）令初始位置随机地偏离差分划分网格 ...

2楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-10-22 13:19:52:
原则上可以随机放置DPD soft beads，但最好根据研究需要设定初始位置。比如lipid bilayer体系，我们可以预先将lipid排成bilayer构象，然后将水分子随机排布在bilayer的上下两侧。

初始速度满足Boltzmann分布， ...

3楼: Originally posted by yuelingxiao at 2011-10-22 22:06:22:
还想请教一下初始速度满足Boltzmann分布是如何实现的？
图片中“该粒子的Maxwell-Boltzmann分布概率”是如何求得的？

4楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-10-22 22:42:44:
根据equipartition theorem，平均速率 $\bar{v_i^2} = \frac{k_B T}{m}$。Maxwell-Boltzmann分布可以写成 $p(v_i) = \frac{1}{\sqrt{2\pi \sigma^2}}e^{\frac{(v_i-0)^2}{2\sigma^2}}$，其中$\simga^2 = \bar{v_ ...

4楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-10-22 22:42:44:
根据equipartition theorem，平均速率 $\bar{v_i^2} = \frac{k_B T}{m}$。Maxwell-Boltzmann分布可以写成 $p(v_i) = \frac{1}{\sqrt{2\pi \sigma^2}}e^{\frac{(v_i-0)^2}{2\sigma^2}}$，其中$\simga^2 = \bar{v_ ...

6楼: Originally posted by yuelingxiao at 2011-10-23 13:22:05:
还有一个不懂：“一般我们还保证体系的总动量为0，为此我们需求得体系质心的动量，然后在每个粒子上除去质心的动量”
这个原理是什么？
一个体系的总动量不为0，靠剩或除一个因子是不可能变为0的呀？

但是通 ...