| 查看: 1700 | 回复: 6 | ||
| 本帖产生 2 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | ||
yuelingxiao新虫 (小有名气)
|
[求助]
DPD方法初始条件的实现
|
|
|
小弟DPD初学者，请教其初始条件是如何实现的。 在分子动力学中，常用的初始条件可以选为：(1)令初始位置在差分划分网格的格子上，初始速度则从玻尔兹曼分布随机抽样得到。（2）令初始位置随机地偏离差分划分网格的格子，初始速度为零。（3）令初始位置随机地偏离差分划分网格的格子，初始速度也是从玻尔兹曼分布随机抽样得到。 关于第一条：是不是还要保证抽样得到的速度满足能量均分定理，也即总动能应该为(3/2)NkT.还是只要是从玻尔兹曼分布抽样得出的速度分布，这个速度分布就会满足能量均分定理 关于第二条：倘使这么给定的话，其初始速度为都为0，是不是意味着系统温度也为0呢，这样的话不是不符合常理了吗？ 关于第三条，同理 DPD的初始条件与分子动力学的初始条件是一样的吗？ |
回复此楼» 本帖@通知
» 猜你喜欢
面上的水很深
已经有18人回复
-
国社科通讯评审
已经有5人回复
-
5个%2F，非固定段22个字母
已经有9人回复
-
生命口C13面上会评时间
已经有11人回复
-
内心匮乏
已经有16人回复
-
生命口面上会评结束了吗大家有知道结果吗？现在还没有结果正常不？
已经有9人回复
-
投英文期刊如何查重
已经有6人回复
-
不要再数国自然申请书的 filecode 的分隔符个数了
已经有21人回复
-
伯胺上甲基求助
已经有7人回复
-
跨出版社商投稿
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 国外做多因素条件的实验中一般选择什么方法？
已经有8人回复
- 急求 一篇 专利文献 ！！！！一种非平行文本条件下的语音转换方法
已经有2人回复
- 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
已经有82人回复
- 【求助】求能够氧化二级醇为酮的催化剂制备方法及反应条件
已经有12人回复
- 【求助】高真空条件下甲醇回收方法
已经有19人回复
- 【求助】由间硝基苯甲酸合成间氨基苯甲酸的方法和条件
已经有13人回复
yahoohoo
铁杆木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 10
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 1.55
- 金币: 7636.4
- 散金: 251
- 红花: 4
- 帖子: 1179
- 在线: 167.5小时
- 虫号: 74894
- 注册: 2005-06-15
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2011-10-22 13:19:52
yuelingxiao
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 82.6
- 散金: 7
- 红花: 2
- 帖子: 77
- 在线: 40小时
- 虫号: 1241850
- 注册: 2011-03-22
- 专业: 传热传质学
3楼2011-10-22 22:06:22
yahoohoo
铁杆木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 10
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 1.55
- 金币: 7636.4
- 散金: 251
- 红花: 4
- 帖子: 1179
- 在线: 167.5小时
- 虫号: 74894
- 注册: 2005-06-15
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-10-23 14:42:52
ghcacj(金币+4, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-10-23 14:42:52
|
根据equipartition theorem，平均速率 $\bar{v_i^2} = \frac{k_B T}{m}$。Maxwell-Boltzmann分布可以写成 $p(v_i) = \frac{1}{\sqrt{2\pi \sigma^2}}e^{\frac{(v_i-0)^2}{2\sigma^2}}$，其中$\simga^2 = \bar{v_i^2} = \frac{k_B T}{m}$。这表示$v_i$满足Gaussian distribution（平均值为0，variance为\frac{k_B T}{m}）。我们需要产生满足Guassian distribution的平均值为0、variance为1的伪随机数，（一般我们还保证体系的总动量为0，为此我们需求得体系质心的动量，然后在每个粒子上除去质心的动量），然后rescale总动能，使其等于$3/2 N k_B T$。这样速度的初始化就完成了。 |
4楼2011-10-22 22:42:44
yuelingxiao
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 82.6
- 散金: 7
- 红花: 2
- 帖子: 77
- 在线: 40小时
- 虫号: 1241850
- 注册: 2011-03-22
- 专业: 传热传质学
5楼2011-10-23 10:16:56
yuelingxiao
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 82.6
- 散金: 7
- 红花: 2
- 帖子: 77
- 在线: 40小时
- 虫号: 1241850
- 注册: 2011-03-22
- 专业: 传热传质学
6楼2011-10-23 13:22:05
yahoohoo
铁杆木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 10
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 1.55
- 金币: 7636.4
- 散金: 251
- 红花: 4
- 帖子: 1179
- 在线: 167.5小时
- 虫号: 74894
- 注册: 2005-06-15
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
7楼2011-10-23 15:17:33
10