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yuelingxiao新虫 (小有名气)
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DPD方法初始条件的实现
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小弟DPD初学者，请教其初始条件是如何实现的。 在分子动力学中，常用的初始条件可以选为：(1)令初始位置在差分划分网格的格子上，初始速度则从玻尔兹曼分布随机抽样得到。（2）令初始位置随机地偏离差分划分网格的格子，初始速度为零。（3）令初始位置随机地偏离差分划分网格的格子，初始速度也是从玻尔兹曼分布随机抽样得到。 关于第一条：是不是还要保证抽样得到的速度满足能量均分定理，也即总动能应该为(3/2)NkT.还是只要是从玻尔兹曼分布抽样得出的速度分布，这个速度分布就会满足能量均分定理 关于第二条：倘使这么给定的话，其初始速度为都为0，是不是意味着系统温度也为0呢，这样的话不是不符合常理了吗？ 关于第三条，同理 DPD的初始条件与分子动力学的初始条件是一样的吗？ |
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yahoohoo
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【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-10-23 14:42:52
ghcacj(金币+4, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-10-23 14:42:52
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根据equipartition theorem，平均速率 $\bar{v_i^2} = \frac{k_B T}{m}$。Maxwell-Boltzmann分布可以写成 $p(v_i) = \frac{1}{\sqrt{2\pi \sigma^2}}e^{\frac{(v_i-0)^2}{2\sigma^2}}$，其中$\simga^2 = \bar{v_i^2} = \frac{k_B T}{m}$。这表示$v_i$满足Gaussian distribution（平均值为0，variance为\frac{k_B T}{m}）。我们需要产生满足Guassian distribution的平均值为0、variance为1的伪随机数，（一般我们还保证体系的总动量为0，为此我们需求得体系质心的动量，然后在每个粒子上除去质心的动量），然后rescale总动能，使其等于$3/2 N k_B T$。这样速度的初始化就完成了。 |
4楼2011-10-22 22:42:44
yahoohoo
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2楼2011-10-22 13:19:52
yuelingxiao
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3楼2011-10-22 22:06:22
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5楼2011-10-23 10:16:56
