[求助] DPD方法初始条件的实现

2楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-10-22 13:19:52:
原则上可以随机放置DPD soft beads，但最好根据研究需要设定初始位置。比如lipid bilayer体系，我们可以预先将lipid排成bilayer构象，然后将水分子随机排布在bilayer的上下两侧。

初始速度满足Boltzmann分布， ...

4楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-10-22 22:42:44:
根据equipartition theorem，平均速率 $\bar{v_i^2} = \frac{k_B T}{m}$。Maxwell-Boltzmann分布可以写成 $p(v_i) = \frac{1}{\sqrt{2\pi \sigma^2}}e^{\frac{(v_i-0)^2}{2\sigma^2}}$，其中$\simga^2 = \bar{v_ ...

4楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-10-22 22:42:44:
根据equipartition theorem，平均速率 $\bar{v_i^2} = \frac{k_B T}{m}$。Maxwell-Boltzmann分布可以写成 $p(v_i) = \frac{1}{\sqrt{2\pi \sigma^2}}e^{\frac{(v_i-0)^2}{2\sigma^2}}$，其中$\simga^2 = \bar{v_ ...