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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 体系中有很多水分子，如何用rattle命令限制水分子的类型和键长键角
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upc穆宁

新虫 (小有名气)

[求助] 体系中有很多水分子，如何用rattle命令限制水分子的类型和键长键角已有1人参与

我使用的是MS软件，建了一个的体系，其中有很多的水分子。现在我需要限制水分子的类型和键长与键角，具体怎么操作呢？
我曾经看到过这个Materials Studio软件常见问题与解答（http://www.docin.com/p-205857093.html）中有这个问题，但是自己愚笨看不是很懂，也看过软件中的help。在这里请问各位专家，对于这种问题需要怎么做？
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1楼2013-12-24 18:48:50
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
限制水分子的类型 MS貌似不能直接定义
限制水分子的键长和键角 MS还是很好实现的
比如某个水分子模型，你画好键角键长，然后用modify的constraints选项 调用measurement工具
就可以限制键长键角和二面角
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2楼2013-12-26 13:04:42
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upc穆宁

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cg陈 at 2013-12-26 13:04:42
限制水分子的类型 MS貌似不能直接定义
限制水分子的键长和键角 MS还是很好实现的
比如某个水分子模型，你画好键角键长，然后用modify的constraints选项 调用measurement工具
就可以限制键长键角和二面角

谢谢回复。你说的这个我知道，好像是要把所有的水分子键长、键角都选中吧，很麻烦。我看过help文件，里面有个rattle关键词，可以限制水分子的类型和结构，这是help中的截图，你看看有什么帮助吗
体系中有很多水分子，如何用rattle命令限制水分子的类型和键长键角
H0L4CK5ZQSSKEP1TWA($Y8L.jpg
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3楼2013-12-26 18:39:03
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upc穆宁

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cg陈 at 2013-12-26 13:04:42
限制水分子的类型 MS貌似不能直接定义
限制水分子的键长和键角 MS还是很好实现的
比如某个水分子模型，你画好键角键长，然后用modify的constraints选项 调用measurement工具
就可以限制键长键角和二面角

但是我没看懂，所以来求助
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4楼2013-12-26 18:39:59
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

内容已删除
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5楼2013-12-29 23:09:28
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upc穆宁

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by cg陈 at 2013-12-29 23:09:28
比如你画好水分子 比如在discover的dynamics中选择file 然后savefile
  紧接着你找到该分子的目标文件夹（在硬盘上），里面就有个.car文件 你用editplus打开编辑
剩下就是：
    关于水分子的部分按照如下方式 ...

谢谢，需要一个水分子一个水分子的操作码？
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6楼2013-12-30 10:47:46
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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upc穆宁: 金币+100, ★★★很有帮助 2013-12-30 21:14:15
我只做了一个水分子的
你自己试试呢
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7楼2013-12-30 12:42:08
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upc穆宁

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by cg陈 at 2013-12-30 12:42:08
我只做了一个水分子的
你自己试试呢

谢谢你啦
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8楼2013-12-30 21:14:36
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iamback2011

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by upc穆宁 at 2013-12-30 21:14:36
谢谢你啦...

请问楼主弄明白怎么用rattle固定多分子的键长键角了吗？能不能说说怎么做的呢？谢谢啦
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9楼2015-01-27 17:12:17
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upc穆宁

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by iamback2011 at 2015-01-27 17:12:17
请问楼主弄明白怎么用rattle固定多分子的键长键角了吗？能不能说说怎么做的呢？谢谢啦...

没有
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10楼2015-01-28 09:10:01
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