24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 5185  |  回复: 36
【奖励】 本帖被评价30次,作者beefly增加金币 23.4

[资源] GenAdia:计算键长/键角/二面角的力常数和振动频率的程序

GenAdia程序的用途:对每个内坐标(键长,键角,二面角)计算力常数和振动频率。例如:水分子的O-H键,苯环的C-C键,都可以算出它们的力常数和振动频率。

输入文件:Gaussian产生的fchk文件。为了便于用户了解计算过程,GenAdia还可以产生Matlab程序。

GenAdia用到的数据,也能在其他量子化学程序的频率计算中产生。因此GenAdia经过修改,可以很容易地接到其他程序。读懂了MATLAB程序以后,还可以直接在各种量子化学程序中实现绝热振动频率分析。

最近升级:
1,简化了计算过程,可以自定义内坐标
2,在Matlab程序中,检查是否奇异矩阵[ Last edited by beefly on 2012-4-27 at 09:43 ]

第八页理论部分的公式有错误,从Eq.(2)开始,一直到Eq.(7)之前,有几处G和G^-1写反了。已经改正。[ Last edited by beefly on 2012-6-1 at 14:18 ]

频率的单位换算因子不准确,在新版本中已经改正。旧的换算因子可能会导致约0.01波数的频率误差。[ Last edited by beefly on 2012-6-8 at 09:26 ]

第八页理论部分的(Gamma^-1 G^-1)应当为(Gamma^-1 G)。已经改正。[ Last edited by beefly on 2012-6-9 at 20:32 ]

1.2版。包含以下修改:
1. 支持180度键角
2. 为了与实验和分子力学中的定义一致,键角和二面角会给出两种力常数
3. 更新了使用说明[ Last edited by beefly on 2012-7-1 at 11:37 ]

1.2.2版。包含以下修改:
1. 修改了代码注释和使用说明中的一些笔误[ Last edited by beefly on 2012-10-6 at 10:14 ]

1.3版。包含以下修改:
1. 计算内坐标的绝热红外强度
2. 更新了使用说明的理论部分[ Last edited by beefly on 2012-10-30 at 10:41 ]

更新[ Last edited by beefly on 2012-11-3 at 09:46 ]

修改了使用说明关于绝热红外强度公式中的一些错误。[ Last edited by beefly on 2012-11-4 at 22:43 ]

更新[ Last edited by beefly on 2012-11-4 at 23:08 ]

修改:
1. 计算0度键角的力常数
2. 旧程序计算的二面角的k_a(d)力常数错误,已改正。[ Last edited by beefly on 2014-1-9 at 11:08 ]
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : GenA-1.3.zip
  • 2012-11-04 23:08:41, 260.33 K
  • 附件 2 : GenA-1.3.2.zip
  • 2014-01-09 11:06:45, 415.48 K

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

科研软件 化学化工软件及相关资料 先进材料与分子模拟 【计算机应用化学】
物化资料综合 第一性原理计算辅助工具 计算 科研
gassian

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖置顶 ( 共有5个 )

kexueshi

木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

正准备发帖问内坐标的力常数如何计算的呢,呵呵。下载下来试试,万分感谢!
3楼2012-04-22 01:13:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dongwen176

木虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

呵呵,正在考虑学matlab还是c++呢,这样看来先学matlab,再把这个程序弄到molcas中去。
5楼2012-04-22 08:42:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

121099

银虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

最近刚好在做二面角 键长等的计算

不过我是在LINUX下自己写加上老师的源代码算

这个软件好像很有参考价值哦
7楼2012-04-22 16:09:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kexueshi

木虫 (正式写手)


送鲜花一朵
说明书写的很清楚啊,辛苦了,呵呵
12楼2012-04-26 16:22:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
程序升级:
1,简化了计算过程,可以自定义内坐标
2,在Matlab程序中,检查是否奇异矩阵
13楼2012-04-27 09:43:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fwenling0506

木虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

先了解一下!呵呵
6楼2012-04-22 09:40:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

楼主,我用你的第一种方法,怎么拿不到红字内容呢》?我用了09 A和C都试过了,关键词也加了
21楼2012-10-07 10:32:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rainywrn

金虫 (正式写手)


★ 一星级,一般

顶一下,感谢分享!收藏了先
22楼2012-10-12 10:56:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

★★★★★ 五星级,优秀推荐

如何在文章中引用此软件咯?
24楼2012-11-04 18:13:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
引用回帖:
24楼: Originally posted by yalefield at 2012-11-04 18:13:57
如何在文章中引用此软件咯?

公式发表在J. Chem. Phys. 137, 084114, (2012),计算用的是内部量子化学程序。而GenA是一个做测试用的独立程序,从未在任何文章中提到过。
引用的时候不必讲用的什么程序,只要讲计算公式来自上面文献就可以了。否则有些英文期刊要求提供程序的网址,访问时间,作者列表,可执行程序等等,就麻烦了。

[ Last edited by beefly on 2012-11-4 at 23:02 ]
25楼2012-11-04 22:57:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

梅子oo瑭

木虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

已经在如何从高斯输出文件中提取键长键角二面角这个问题上纠结了好久了,希望楼主的方法好用,先谢谢楼主啦
26楼2012-12-12 15:37:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihe_m9

木虫 (著名写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢楼主,正为此事纠结呢,尤其是发表文章的提法,非常有用
27楼2013-01-11 20:09:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dkgmx

木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

楼主,我用这软件得到键和键角的力常数后,那它们的平衡键长和键角该怎么取呢?
33楼2015-05-27 15:38:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

睡月如疯

新虫 (初入文坛)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

怎么下不了?
37楼2022-01-03 23:18:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
chrinide2楼
2012-04-21 23:42   回复  
五星好评  
gongxd3254楼
2012-04-22 08:40   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
quantumor8楼
2012-04-23 09:17   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
greenbest9楼
2012-04-23 14:35   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
wx111610楼
2012-04-24 07:27   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
haiyanzou11楼
2012-04-24 17:36   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
kexueshi14楼
2012-04-30 16:32   回复  
顶一下,感谢分享!
2012-05-02 11:01   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
2012-05-04 15:16   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
x_star17楼
2012-05-14 00:13   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
狼外婆18楼
2012-06-23 23:53   回复  
五星好评  
kexueshi19楼
2012-06-24 00:04   回复  
顶一下,感谢分享!
kexueshi20楼
2012-07-05 08:58   回复  
顶一下,感谢分享!
xyang16823楼
2012-11-03 06:56   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
apple_gao28楼
2013-03-13 23:41   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
jchen050629楼
2013-05-04 00:24   回复  
三星好评  顶一下,感谢分享!
2013-10-25 22:50   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
dddcg31楼
2013-10-30 11:31   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
2014-05-14 22:50   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
激动34楼
2015-12-16 11:49   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
kings0135楼
2016-07-07 15:47   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
hzfish36楼
2016-12-19 15:16   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
相关版块跳转 我要订阅楼主 beefly 的主题更新
☆ 无星级 ★ 一星级 ★★★ 三星级 ★★★★★ 五星级
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 348求调剂 +3 车厘子zzz 2026-04-05 3/150 2026-04-05 20:30 by 啵啵啵0119
[考研] 材料专硕(0856) 339分求调剂 +10 哈哈哈鹅哈哈哈 2026-04-04 10/500 2026-04-05 18:51 by 蓝云思雨
[考研] 385分 生物学(071000)求调剂 +11 qf626 2026-04-01 11/550 2026-04-05 17:35 by Ecowxq666!
[考研] 求生物学学硕调剂——364分 +7 云朵遛弯指南 2026-04-04 7/350 2026-04-04 22:49 by zhyzzh
[考研] 278求调剂 +3 依旧! 2026-04-02 4/200 2026-04-04 20:27 by 蓝云思雨
[考研] 321求调剂 +6 认真求上学 2026-04-03 6/300 2026-04-04 19:51 by dongzh2009
[考研] 295求调剂 +3 尚偌呀 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:23 by zhq0425
[考研] 266求调剂 +18 阳阳哇塞 2026-04-01 18/900 2026-04-03 18:38 by zllcz
[考研] 285求调剂 +5 AZMK 2026-04-03 8/400 2026-04-03 18:17 by AZMK
[考研] 266分,求材料相关专业调剂 +13 哇呼哼呼哼 2026-03-30 15/750 2026-04-03 15:24 by arrow8852
[基金申请] 请问共同通讯和共同一作的认可度问题 10+4 psa1234 2026-04-01 10/500 2026-04-03 11:08 by Kittylucky
[考研] 071000生物学调剂 +8 知昭蔓 2026-04-02 8/400 2026-04-03 10:36 by macy2011
[考研] 286求调剂 +7 Faune 2026-03-30 7/350 2026-04-03 10:14 by linyelide
[考研] 085600 295分求调剂 +19 W55j 2026-03-30 23/1150 2026-04-03 09:53 by 千千运气
[考研] 085600,320分求调剂 +6 大馋小子 2026-04-02 6/300 2026-04-02 21:54 by dongzh2009
[考研] 能源动力 调剂 +3 不破不立0 2026-04-02 3/150 2026-04-02 12:46 by ffffjjjj
[考研] 270调剂 +7 maxjxbsk 2026-04-02 7/350 2026-04-02 09:50 by yulian1987
[考研] 求调剂 +4 图鉴212 2026-03-30 5/250 2026-04-01 15:32 by 图鉴212
[考研] 274求调剂 +6 xiao爱同学 2026-03-30 6/300 2026-03-31 10:04 by cal0306
[考研] 一志愿中海洋320化学工程与技术学硕求调剂 +8 披星河 2026-03-30 8/400 2026-03-31 08:53 by lbsjt
信息提示
请填处理意见