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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 体系中有很多水分子，如何用rattle命令限制水分子的类型和键长键角
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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iamback2011

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by upc穆宁 at 2015-01-28 09:10:01
没有...

那能不能讲讲你最后是怎么做的呢？？我苦恼了很久了，谢谢啦
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11楼2015-01-28 10:13:44
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upc穆宁

新虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by iamback2011 at 2015-01-28 10:13:44
那能不能讲讲你最后是怎么做的呢？？我苦恼了很久了，谢谢啦...

我直接放弃了
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12楼2015-01-28 11:03:45
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iamback2011

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by upc穆宁 at 2015-01-28 11:03:45
我直接放弃了...

额。。。好吧，还是谢谢你能回复我
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13楼2015-01-28 14:33:52
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iamback2011

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by cg陈 at 2013-12-29 23:09:28
比如你画好水分子 比如在discover的dynamics中选择file 然后savefile
  紧接着你找到该分子的目标文件夹（在硬盘上），里面就有个.car文件 你用editplus打开编辑
剩下就是：
    关于水分子的部分按照如下方式 ...

你好，我最近才开始做水模拟，也遇到这个问题了，我按照你的提示做了一个10个水分子的格子，修改.car文件后再把rattle语句加入inp文件后运行该文件总是提示错误：
Error: molGeom set: all arguments specifying distance must contain the same number of items
    invoked from within
"if {$j != [object ats$i info nItems]} {
                error "molGeom $geoOp: all arguments specifying $table must contain the same number of items"
            }"
    ("for" body line 2)
    invoked from within
"for {$i = 1} {$i < $Nargs} {incr i} {
            if {$j != [object ats$i info nItems]} {
                error "molGeom $geoOp: all arguments specifying $table must conta ..."
    invoked from within
"if {$Nargs == 1} {
        set sets [string tolower [subset get ats $args]]
        database handle dbh $ats
        if {$nargs > 1} {
            if {$sets != $table} {
                error  ..."
    (procedure "molGeom" line 93)
    invoked from within
"molGeom set distance $bl $waterO $waterH2"
    invoked from within
"if {$wtype == "SPC"} {
            vector bl 1.00
            vector wc -0.820
            molGeom set distance $bl $waterO $waterH1
            molGeom set distance $bl $waterO  ..."
    invoked from within
"if {$type == "water"} {
    #Check/set up water ff type
        global env
        if {[lindex $args 0] == "-waterType"} {
            if {$l < 2} {
                error "rattle water: ..."
    (procedure "rattle" line 48)
    invoked from within
"rattle water -waterType TIP3P -tolerance 1e-4"
能不能帮我看看是什么问题啊，为了这个问题苦恼了很久了，谢谢啦
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14楼2015-03-10 11:05:39
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Sophiezx45

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by cg陈 at 2013-12-29 23:09:28
比如你画好水分子 比如在discover的dynamics中选择file 然后savefile
  紧接着你找到该分子的目标文件夹（在硬盘上），里面就有个.car文件 你用editplus打开编辑
剩下就是：
    关于水分子的部分按照如下方式 ...

"然后重新打开此文件，在此文件的基础上进行修改"具体修改什么？还有“单个水分子以END结束“中END的位置在文件的哪里？另起一行加，还是直接在rattle water - waterType SPC -tol erance l e-4后面加？
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15楼2015-04-13 10:04:43
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