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体系中有很多水分子，如何用rattle命令限制水分子的类型和键长键角 已有1人参与
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我使用的是MS软件，建了一个的体系，其中有很多的水分子。现在我需要限制水分子的类型和键长与键角，具体怎么操作呢？ 我曾经看到过这个Materials Studio软件常见问题与解答（http://www.docin.com/p-205857093.html）中有这个问题，但是自己愚笨看不是很懂，也看过软件中的help。在这里请问各位专家，对于这种问题需要怎么做？ |
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iamback2011
铜虫 (小有名气)
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- 虫号: 1950490
- 注册: 2012-08-22
- 性别: GG
- 专业: 钻井工程与地热开采
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你好，我最近才开始做水模拟，也遇到这个问题了，我按照你的提示做了一个10个水分子的格子，修改.car文件后再把rattle语句加入inp文件后运行该文件总是提示错误： Error: molGeom set: all arguments specifying distance must contain the same number of items invoked from within "if {$j != [object ats$i info nItems]} { error "molGeom $geoOp: all arguments specifying $table must contain the same number of items" }" ("for" body line 2) invoked from within "for {$i = 1} {$i < $Nargs} {incr i} { if {$j != [object ats$i info nItems]} { error "molGeom $geoOp: all arguments specifying $table must conta ..." invoked from within "if {$Nargs == 1} { set sets [string tolower [subset get ats $args]] database handle dbh $ats if {$nargs > 1} { if {$sets != $table} { error ..." (procedure "molGeom" line 93) invoked from within "molGeom set distance $bl $waterO $waterH2" invoked from within "if {$wtype == "SPC"} { vector bl 1.00 vector wc -0.820 molGeom set distance $bl $waterO $waterH1 molGeom set distance $bl $waterO ..." invoked from within "if {$type == "water"} { #Check/set up water ff type global env if {[lindex $args 0] == "-waterType"} { if {$l < 2} { error "rattle water: ..." (procedure "rattle" line 48) invoked from within "rattle water -waterType TIP3P -tolerance 1e-4" 能不能帮我看看是什么问题啊，为了这个问题苦恼了很久了，谢谢啦 |
14楼2015-03-10 11:05:39
cg陈
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 76 (初中生)
- 金币: 6627.2
- 散金: 46
- 红花: 2
- 帖子: 1253
- 在线: 445.4小时
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- 注册: 2009-10-16
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2013-12-26 13:04:42
3楼2013-12-26 18:39:03
4楼2013-12-26 18:39:59