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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » CIF专栏 » 溶剂四个水分子的氧原子无序，加不上氢。
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冰刃001

木虫 (小有名气)

[求助] 溶剂四个水分子的氧原子无序，加不上氢。

新做一晶体，溶剂四个水分子的氧原子无序，加不上氢。残差因子为：0.820  和  -0.648， CHECK CIF 错误如下：

Alert level B
PLAT306_ALERT_2_B Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......         O7     
PLAT306_ALERT_2_B Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......         O8     
PLAT306_ALERT_2_B Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......         O9     
PLAT306_ALERT_2_B Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......        O10     
Alert level C
PLAT601_ALERT_2_C Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of .         93 A**3

求各位老师帮忙看看，这些错误该怎么解决？或者该怎么在CIF中，或者文章中解释。
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1楼 2012-09-03 22:27:18
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rogersystop

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
linhua0402313: 感谢参与回帖交流，能不能详细点 2012-09-04 07:23:40
手动找一下可能的氢键方向然后用理论加氢吧
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2楼2012-09-03 23:44:07
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冰刃001

木虫 (小有名气)
氧原子无序非常严重，怎么办？
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3楼2012-09-16 09:11:29
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wfmlover

铜虫 (小有名气)
加不上就不加
并不是一定要加氢的
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4楼2012-09-16 12:00:03
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冰刃001

木虫 (小有名气)
问题是如果加不上氢，该怎么解释，如果编辑问的话？
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5楼2012-09-16 15:44:24
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beeper

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 冰刃001 at 2012-09-16 15:44:24
问题是如果加不上氢，该怎么解释，如果编辑问的话？

游离水的氧上，不能理论加氢。
一定要指认O附件的q峰，然后用DFIX命令限制键长和键角。如果附近有多于两个的q峰（这基本是一定会发生的），就参考这个水可能在哪个方向会形成氢键，再指认。
一般情况下，如果晶体衍射数据不是特别的好，游离水很难加氢，而且很多学者也认为这种加氢是不必要的。可以不加氢就投，但是要解释一下。审稿人应该不会质疑。
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6楼2013-04-05 19:52:51
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fengxue151

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by beeper at 2013-04-05 19:52:51
游离水的氧上，不能理论加氢。
一定要指认O附件的q峰，然后用DFIX命令限制键长和键角。如果附近有多于两个的q峰（这基本是一定会发生的），就参考这个水可能在哪个方向会形成氢键，再指认。
一般情况下，如果晶体 ...

请问不加氢该怎么解释下呢？就说是游离水的氧吗？
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7楼2014-06-10 17:31:39
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