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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】MS如何实现水分子与SiO2反应的分子动力学模拟过程（想得到Si-OH键）？
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wzbhit

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】MS如何实现水分子与SiO2反应的分子动力学模拟过程（想得到Si-OH键）？

1、MS Discover或Forcite模块（其它模块也可以）如何实现水分子（H2O）与SiO2反应的分子动力学过程（想得到Si-OH键）？如何放置水分子到SiO2表面？
参考MS tutorial，直接把水分子粘贴放置到SiO2表面，但是Discover Dynamic后观察轨迹文件，没有任何水分子要与SiO2反应的迹象，没有形成Si-OH。
2、MS中如何实现将两片SiO2放置到一起？已使用方法：使用MS Build —> Build layer来将第一层放SiO2、第二层也放SiO2。但是用Discover模拟，查看轨迹文件没有任何形成Si-O-Si键的过程。
3、MS中把晶体形态的SiO2高温退火后得到的是否是非晶态的SiO2？如何实现高温退火处理，用的Forcite anneal是否可以做到？
以上三个问题困扰小弟很久了，希望前辈们指点，十分感谢！
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1楼 2011-02-24 09:34:20
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qq364085265

金虫 (著名写手)
★
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1、Discover和Forcite两个模块中所支持的力场都是非反应性力场，其势能函数是不包括判断键的断裂和生成的，所以你模拟的过程没有发生化学反应；
2、原因同上，要想模拟化学反应分子动力学，可以选用GULP模块的反应性ReaxFF力场（MS6.0及以上版本）或使用量子计算动力学模拟（Dmol3模块、CASTEP模块）。ReaxFF力场的势函数类型和参数可以参考help文件中提供的三个参考文献（开发这个力场的人写的），不过我印象中这个力场可能不包括Si元素。MS软件又不支持对ReaxFF力场的修正，所以你可能只能使用量子计算来模拟这个反应过程，但这个计算会非常非常耗时。
3、我没做过高温相变 的模拟，，但是看过类似的文章，好像是根据通过退火动力学后晶体生长表面原子的有序性来判断非晶还是晶体的。
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16楼2014-01-15 21:51:11
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
算了，不想吐槽了，涉及到键断裂生成的过程除了反应力场和first principle没有别的选择，要得到历程除了动力学(dynamics)模拟，通过搜索过渡态进行反应动力学(kinetics)也是一种方案。对于first principle涉及到溶剂化问题能够减小计算量的方案可以是QM/MM，也可以采用SCRF（隐式溶剂化），或者采用DFTB的半经验方法来减小计算量。非金属体系CPMD也是好的选择。

“文献上说：将水分子随即放置到切割SiO2表面，跑动力学，然后就会生成Si-OH”，如果你确定文献是采用经典动力学做的，很大概率应该是采用了反应力场做的。
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18楼2015-08-20 23:49:13
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wzbhit

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-02-25 12:16:24:
力场方法包括了化学键断裂和生成吗？

我用的Material Studio自带的COMMPASS力场模拟的，我不懂您说的是否包含化学键的断裂和生成。 我想做的是模拟玻璃的键合过程。
我想请问您：MS有办法模拟退火么？是Forcite模块里的那个Annealing吗？
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4楼2011-02-25 20:22:19
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xk6891

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★
wzbhit(金币+2):谢谢参与
zzy870720z(金币+2): 谢谢参与讨论 2011-02-26 14:11:51
wzbhit(金币+5): 2011-02-26 15:20:18
discover和forcite都是经典分子动力学，选用的力场或者叫做经验势进行的模拟，而这样的势函数有很大的局限性，不同的模型是不一定适用的。
建议：1以前是否有人采用经典分子动力学方法模拟过相同或者相似的反应，如果有，就用它用过的力场。或者采用量子分子动力学CPMD用赝势，模拟这个过程；个人认为键不是图上显示有就有，显示无就无
2同上，力场可能不合适
3额 这个没用过 不知道
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6楼2011-02-26 13:04:32
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franch

版主 (著名写手)
★
wzbhit(金币+2):谢谢参与
关注一下，，，dmol3不行么？
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11楼2011-04-05 21:43:53
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kumarebel

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
forcite ?? anneal ???????????
???cycle???????????????????????O??????
initial temp ??????
mid temp ???g????(?????????????)
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15楼2014-01-15 16:51:45
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奉天大元帅

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
18楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-08-20 23:49:13
算了，不想吐槽了，涉及到键断裂生成的过程除了反应力场和first principle没有别的选择，要得到历程除了动力学(dynamics)模拟，通过搜索过渡态进行反应动力学(kinetics)也是一种方案。对于first principle涉及到溶剂 ...

说出了我的心声，经典MD做不了化学反应的，要么第一性，要么ReafXX
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19楼2015-08-29 10:25:33
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普通回帖

wzbhit

至尊木虫 (著名写手)
不知道自己算不算是合格的菜鸟。是我的问题太简单，还是我没有把问题说清楚？希望大家可以关于我的问题 讨论一下 给我指点一下问题解决的方向，大致说一下我该向从何处入手。小弟将十分感激！
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2楼2011-02-24 15:10:00
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★ ★
wzbhit(金币+2):谢谢参与
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-02-25 14:38:04
wzbhit(金币+5): 2011-02-25 20:23:32
力场方法包括了化学键断裂和生成吗？
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3楼2011-02-25 12:16:24
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-02-26 08:27:44
adsorption locator tool也可以做模拟退火。
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5楼2011-02-26 08:07:59
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99zhujun

金虫 (著名写手)
★
wzbhit(金币+2):谢谢参与
顶顶顶顶
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7楼2011-02-26 13:25:38
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syongui

金虫 (正式写手)
★ ★
wzbhit(金币+2):谢谢参与
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-03-01 15:55:54
SiO2与H2O反应，首先你要确定水分子在前者表面的吸附状态，建立合似模型，估计你的模型建立的有问题！！
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8楼2011-03-01 15:45:31
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wangth08

金虫 (正式写手)
★ ★
wzbhit(金币+2):谢谢参与
zzy870720z(金币+1): 谢谢交流 2011-03-01 22:37:18
用第一原理分子动力学算算吧，要是系统小的话，经典分子动力学应该对分子间相互作用力比较合适的饿
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9楼2011-03-01 22:21:03
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youjie-888

银虫 (小有名气)
★ ★
wzbhit(金币+2):谢谢参与
zzy870720z(金币+1): 鼓励讨论 2011-03-28 17:19:13
我个人认为你的模型有问题：为什么不把SiO2放在一层，弄两层什么意思。一层的话成键应该没有问题，另外，与水接触的表面是不是需要处理，否则是不是不反应，我个人的观点，是否有帮助，不得而知。
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10楼2011-03-28 15:25:39
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wzbhit

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by franch at 2011-04-05 21:43:53:
关注一下，，，dmol3不行么？

franch你好，dmol3好像是量化计算的吧，我不太懂这个。我用gulp，不知道MS中如何将H2O放置到切割到得的SiO2表面上面？文献上说：将水分子随即放置到切割SiO2表面，跑动力学，然后就会生成Si-OH。我百思不得其解，忘指点一二。十分感谢~
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12楼2011-04-06 15:06:22
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franch

版主 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by wzbhit at 2011-04-06 15:06:22:
franch你好，dmol3好像是量化计算的吧，我不太懂这个。我用gulp，不知道MS中如何将H2O放置到切割到得的SiO2表面上面？文献上说：将水分子随即放置到切割SiO2表面，跑动力学，然后就会生成Si-OH。我百思不得其解 ...

你这体系用量化计算会更精确些，，，    而且感觉你这问题没必要用经典力学参数
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13楼2011-05-23 22:15:58
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wengxiaoqing

新虫 (小有名气)
лл
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17楼2015-08-20 16:18:49
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wxxsponge

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主，你好，我也想做反应模拟，但是本科大四小白，即将上研究生，想请教您这方面的东西

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20楼2017-05-11 19:58:27
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wxxsponge

新虫 (小有名气)
引用回帖:
20楼: Originally posted by wxxsponge at 2017-05-11 19:58:27
楼主，你好，我也想做反应模拟，但是本科大四小白，即将上研究生，想请教您这方面的东西

我那个反应是乳状液膜法脱除二氧化氮。

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21楼2017-05-11 19:59:01
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取名废wu

禁虫
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
22楼2022-03-07 19:35:56
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朱红伟随14楼
2012-04-24 16:15   回复  
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