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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 动力学模拟水分子跑散了怎么办？水盒子严重变形，出现空洞。
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haoguoyu

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1楼 2013-06-06 10:59:48
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
在你这个模拟之前没有进行 NPT 系宗模拟吧？ 这样就可以通过调节盒子的大小，调节溶液的密度接近 1  ，就不会有孔洞了。

你这是一个溶液环境，应该使用周期边界条件，就不会跑散了，
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2楼2013-06-06 11:05:46
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haoguoyu

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3楼2013-06-06 11:14:48
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haoguoyu

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4楼2013-06-06 11:18:14
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by haoguoyu at 2013-06-06 11:18:14
谢谢，嗯，没有NPT过，不过之前有试过NPT，水的坐标分散的非常厉害，坐标值xyz都是到10000多，图形软件都无法显示了。这算合理吗？
周期性边界条件已经使用了。...

你用的什么软件？
盒子的大小多少？
xyz坐标 10000多 ，如果超过了你设置的盒子大小，很显然是不合理的啊。
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5楼2013-06-06 11:36:32
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haoguoyu

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6楼2013-06-19 10:40:24
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by haoguoyu at 2013-06-19 10:40:24
不好意思回复晚了。那这个NPT模拟需要多久?能量需要平衡吗？...

需要多长时间这个没有一定之规，在你模拟的过程中，你实时输出一下你模拟盒子边长随时间的变化，你应该能看到盒子边长的变化趋势是先减小，后来逐渐趋于一个定值。这样就可以了。能量输出应该也是这样的趋势。
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7楼2013-06-19 14:33:43
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tylgd2011

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-19 20:18:49
模拟体系加周期性边界条件以减小尺寸效应，模拟时间的长短取决是否达到平衡，如果没有达到平衡增加模拟时间。
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8楼2013-06-19 20:17:23
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-06-06 11:05:46
在你这个模拟之前没有进行 NPT 系宗模拟吧？ 这样就可以通过调节盒子的大小，调节溶液的密度接近 1  ，就不会有孔洞了。

你这是一个溶液环境，应该使用周期边界条件，就不会跑散了，

请问一下在模拟之前怎么进行NPT模拟使密度控制在一定的范围，是先NPT模拟一段时间，在哪里看密度合适不合适呢？
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逆风奔跑。
9楼2014-07-21 15:15:28
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