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jiaoyixiong

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

在你这个模拟之前没有进行 NPT 系宗模拟吧？这样就可以通过调节盒子的大小，调节溶液的密度接近 1 ，就不会有孔洞了。

你这是一个溶液环境，应该使用周期边界条件，就不会跑散了，

2楼2013-06-06 11:05:46

haoguoyu

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3楼2013-06-06 11:14:48

haoguoyu

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4楼2013-06-06 11:18:14

jiaoyixiong

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【答案】应助回帖

引用回帖:

4楼: Originally posted by haoguoyu at 2013-06-06 11:18:14
谢谢，嗯，没有NPT过，不过之前有试过NPT，水的坐标分散的非常厉害，坐标值xyz都是到10000多，图形软件都无法显示了。这算合理吗？
周期性边界条件已经使用了。...

你用的什么软件？
盒子的大小多少？
xyz坐标 10000多，如果超过了你设置的盒子大小，很显然是不合理的啊。

5楼2013-06-06 11:36:32

haoguoyu

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6楼2013-06-19 10:40:24

jiaoyixiong

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引用回帖:

6楼: Originally posted by haoguoyu at 2013-06-19 10:40:24
不好意思回复晚了。那这个NPT模拟需要多久?能量需要平衡吗？...

需要多长时间这个没有一定之规，在你模拟的过程中，你实时输出一下你模拟盒子边长随时间的变化，你应该能看到盒子边长的变化趋势是先减小，后来逐渐趋于一个定值。这样就可以了。能量输出应该也是这样的趋势。

7楼2013-06-19 14:33:43

tylgd2011

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【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-19 20:18:49

模拟体系加周期性边界条件以减小尺寸效应，模拟时间的长短取决是否达到平衡，如果没有达到平衡增加模拟时间。

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8楼2013-06-19 20:17:23

CQU_wjq

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引用回帖:

2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-06-06 11:05:46
在你这个模拟之前没有进行 NPT 系宗模拟吧？这样就可以通过调节盒子的大小，调节溶液的密度接近 1 ，就不会有孔洞了。

你这是一个溶液环境，应该使用周期边界条件，就不会跑散了，

请问一下在模拟之前怎么进行NPT模拟使密度控制在一定的范围，是先NPT模拟一段时间，在哪里看密度合适不合适呢？

逆风奔跑。

9楼2014-07-21 15:15:28