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haoguoyu

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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
在你这个模拟之前没有进行 NPT 系宗模拟吧? 这样就可以通过调节盒子的大小,调节溶液的密度接近 1  ,就不会有孔洞了。

你这是一个溶液环境,应该使用周期边界条件,就不会跑散了,
2楼2013-06-06 11:05:46
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haoguoyu

禁虫 (正式写手)

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3楼2013-06-06 11:14:48
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haoguoyu

禁虫 (正式写手)

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4楼2013-06-06 11:18:14
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by haoguoyu at 2013-06-06 11:18:14
谢谢,嗯,没有NPT过,不过之前有试过NPT,水的坐标分散的非常厉害,坐标值xyz都是到10000多,图形软件都无法显示了。这算合理吗?
周期性边界条件已经使用了。...

你用的什么软件?
盒子的大小多少?
xyz坐标 10000多 ,如果超过了你设置的盒子大小,很显然是不合理的啊。
5楼2013-06-06 11:36:32
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haoguoyu

禁虫 (正式写手)

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6楼2013-06-19 10:40:24
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by haoguoyu at 2013-06-19 10:40:24
不好意思回复晚了。那这个NPT模拟需要多久?能量需要平衡吗?...

需要多长时间这个没有一定之规,在你模拟的过程中,你实时输出一下你模拟盒子边长随时间的变化,你应该能看到盒子边长的变化趋势是先减小,后来逐渐趋于一个定值。这样就可以了。能量输出应该也是这样的趋势。
7楼2013-06-19 14:33:43
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tylgd2011

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-19 20:18:49
模拟体系加周期性边界条件以减小尺寸效应,模拟时间的长短取决是否达到平衡,如果没有达到平衡增加模拟时间。
8楼2013-06-19 20:17:23
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-06-06 11:05:46
在你这个模拟之前没有进行 NPT 系宗模拟吧? 这样就可以通过调节盒子的大小,调节溶液的密度接近 1  ,就不会有孔洞了。

你这是一个溶液环境,应该使用周期边界条件,就不会跑散了,

请问一下在模拟之前怎么进行NPT模拟使密度控制在一定的范围,是先NPT模拟一段时间,在哪里看密度合适不合适呢?
逆风奔跑。
9楼2014-07-21 15:15:28
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