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haoguoyu

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haoguoyu

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4楼2013-06-06 11:18:14
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jiaoyixiong

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【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
在你这个模拟之前没有进行 NPT 系宗模拟吧? 这样就可以通过调节盒子的大小,调节溶液的密度接近 1  ,就不会有孔洞了。

你这是一个溶液环境,应该使用周期边界条件,就不会跑散了,
2楼2013-06-06 11:05:46
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haoguoyu

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3楼2013-06-06 11:14:48
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by haoguoyu at 2013-06-06 11:18:14
谢谢,嗯,没有NPT过,不过之前有试过NPT,水的坐标分散的非常厉害,坐标值xyz都是到10000多,图形软件都无法显示了。这算合理吗?
周期性边界条件已经使用了。...

你用的什么软件?
盒子的大小多少?
xyz坐标 10000多 ,如果超过了你设置的盒子大小,很显然是不合理的啊。
5楼2013-06-06 11:36:32
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