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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 动力学模拟水分子跑散了怎么办？水盒子严重变形，出现空洞。
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haoguoyu

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1楼 2013-06-06 10:59:48
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jiaoyixiong

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【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by haoguoyu at 2013-06-19 10:40:24
不好意思回复晚了。那这个NPT模拟需要多久?能量需要平衡吗？...

需要多长时间这个没有一定之规，在你模拟的过程中，你实时输出一下你模拟盒子边长随时间的变化，你应该能看到盒子边长的变化趋势是先减小，后来逐渐趋于一个定值。这样就可以了。能量输出应该也是这样的趋势。
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7楼2013-06-19 14:33:43
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
在你这个模拟之前没有进行 NPT 系宗模拟吧？ 这样就可以通过调节盒子的大小，调节溶液的密度接近 1  ，就不会有孔洞了。

你这是一个溶液环境，应该使用周期边界条件，就不会跑散了，
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2楼2013-06-06 11:05:46
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haoguoyu

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3楼2013-06-06 11:14:48
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haoguoyu

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4楼2013-06-06 11:18:14
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