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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 动力学模拟水分子跑散了怎么办？水盒子严重变形，出现空洞。
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haoguoyu

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1楼 2013-06-06 10:59:48
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tylgd2011

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-19 20:18:49
模拟体系加周期性边界条件以减小尺寸效应，模拟时间的长短取决是否达到平衡，如果没有达到平衡增加模拟时间。
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2013-06-19 20:17:23
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
在你这个模拟之前没有进行 NPT 系宗模拟吧？ 这样就可以通过调节盒子的大小，调节溶液的密度接近 1  ，就不会有孔洞了。

你这是一个溶液环境，应该使用周期边界条件，就不会跑散了，
赞一下 回复此楼
2楼2013-06-06 11:05:46
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haoguoyu

禁虫 (正式写手)
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3楼2013-06-06 11:14:48
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haoguoyu

禁虫 (正式写手)
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4楼2013-06-06 11:18:14
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