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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】MS如何实现水分子与SiO2反应的分子动力学模拟过程（想得到Si-OH键）？
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wzbhit

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】MS如何实现水分子与SiO2反应的分子动力学模拟过程（想得到Si-OH键）？

1、MS Discover或Forcite模块（其它模块也可以）如何实现水分子（H2O）与SiO2反应的分子动力学过程（想得到Si-OH键）？如何放置水分子到SiO2表面？
参考MS tutorial，直接把水分子粘贴放置到SiO2表面，但是Discover Dynamic后观察轨迹文件，没有任何水分子要与SiO2反应的迹象，没有形成Si-OH。
2、MS中如何实现将两片SiO2放置到一起？已使用方法：使用MS Build —> Build layer来将第一层放SiO2、第二层也放SiO2。但是用Discover模拟，查看轨迹文件没有任何形成Si-O-Si键的过程。
3、MS中把晶体形态的SiO2高温退火后得到的是否是非晶态的SiO2？如何实现高温退火处理，用的Forcite anneal是否可以做到？
以上三个问题困扰小弟很久了，希望前辈们指点，十分感谢！
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1楼 2011-02-24 09:34:20
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xk6891

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★
wzbhit(金币+2):谢谢参与
zzy870720z(金币+2): 谢谢参与讨论 2011-02-26 14:11:51
wzbhit(金币+5): 2011-02-26 15:20:18
discover和forcite都是经典分子动力学，选用的力场或者叫做经验势进行的模拟，而这样的势函数有很大的局限性，不同的模型是不一定适用的。
建议：1以前是否有人采用经典分子动力学方法模拟过相同或者相似的反应，如果有，就用它用过的力场。或者采用量子分子动力学CPMD用赝势，模拟这个过程；个人认为键不是图上显示有就有，显示无就无
2同上，力场可能不合适
3额 这个没用过 不知道
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6楼2011-02-26 13:04:32
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wzbhit

至尊木虫 (著名写手)
不知道自己算不算是合格的菜鸟。是我的问题太简单，还是我没有把问题说清楚？希望大家可以关于我的问题 讨论一下 给我指点一下问题解决的方向，大致说一下我该向从何处入手。小弟将十分感激！
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2楼2011-02-24 15:10:00
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★ ★
wzbhit(金币+2):谢谢参与
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-02-25 14:38:04
wzbhit(金币+5): 2011-02-25 20:23:32
力场方法包括了化学键断裂和生成吗？
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3楼2011-02-25 12:16:24
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wzbhit

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-02-25 12:16:24:
力场方法包括了化学键断裂和生成吗？

我用的Material Studio自带的COMMPASS力场模拟的，我不懂您说的是否包含化学键的断裂和生成。 我想做的是模拟玻璃的键合过程。
我想请问您：MS有办法模拟退火么？是Forcite模块里的那个Annealing吗？
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4楼2011-02-25 20:22:19
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