| 查看: 9014 | 回复: 21 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【求助】MS如何实现水分子与SiO2反应的分子动力学模拟过程（想得到Si-OH键）？
|
|||
|
1、MS Discover或Forcite模块（其它模块也可以）如何实现水分子（H2O）与SiO2反应的分子动力学过程（想得到Si-OH键）？如何放置水分子到SiO2表面？ 参考MS tutorial，直接把水分子粘贴放置到SiO2表面，但是Discover Dynamic后观察轨迹文件，没有任何水分子要与SiO2反应的迹象，没有形成Si-OH。 2、MS中如何实现将两片SiO2放置到一起？已使用方法：使用MS Build —> Build layer来将第一层放SiO2、第二层也放SiO2。但是用Discover模拟，查看轨迹文件没有任何形成Si-O-Si键的过程。 3、MS中把晶体形态的SiO2高温退火后得到的是否是非晶态的SiO2？如何实现高温退火处理，用的Forcite anneal是否可以做到？ 以上三个问题困扰小弟很久了，希望前辈们指点，十分感谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有74人回复
-
岩土工程学报什么时候才能终审完呐
已经有4人回复
-
时间戳又变了8-15
已经有25人回复
-
2027广东省杰青
已经有6人回复
-
快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。
已经有3人回复
-
哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？
已经有9人回复
-
咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否
已经有26人回复
-
我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人
已经有16人回复
-
有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验）
已经有12人回复
-
招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 体系中有很多水分子，如何用rattle命令限制水分子的类型和键长键角
已经有14人回复
- 经典分子动力学力场、势函数
已经有9人回复
- 跑完Gromacs的动力学模拟之后的轨迹文件.trr里面没有内容，为什么？
已经有4人回复
- 关于MS动力学精度设置问题
已经有4人回复
- 分子动力学模拟 求 水分子的红外光谱
已经有11人回复
- 动力学模拟水分子跑散了怎么办？水盒子严重变形，出现空洞。
已经有8人回复
- si-si的键能和带隙的关系
已经有21人回复
- 分子动力学模拟力场
已经有13人回复
- MS Discover 动力学求助
已经有10人回复
- 用ms作分子动力学模拟结果 发高因子的sci 好发吗
已经有13人回复
- DS跑动力学，带水分子的蛋白的水需要删掉吗？
已经有8人回复
- 水分子的分子动力学模拟中水分子跑出盒子
已经有10人回复
- 怎么样才能加快SiO2与HF酸的反应
已经有5人回复
- MS 聚丙烯腈 分子动力学模拟
已经有28人回复
- VASP怎样计算水分子键长 键角
已经有9人回复
- Dmol3 键没有断裂
已经有15人回复
- MS模拟体系中水分子数目应该怎样设置？
已经有9人回复
- 请问该如何放置水分子的位置
已经有11人回复
- 在线等，急，急，急将C18键合到SiO2上加入嘧啶的作用是什么
已经有4人回复
- MS分子动力学那个模块能处理断键和成键啊？
已经有9人回复
- 【求助】MS中动力学之后水分子个数问题
已经有5人回复
- 【求助】MS中如何选择体系中的水分子
已经有9人回复
- 【原创】关于MS中的Adsorption Locator
已经有192人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
北京信息科技大学机电工程学院硕士研究生招生线上宣讲会-8月16日
+5/255
-
中国科学院空天院精密干涉测量团队招聘光学/算法/机械方向博士后/特别研究助理
+1/80
-
广东医科大学博士后招聘-基础医学，生信等方向
+1/38
-
华南理工大学招2027年生物材料、药物递送申请考核制博士生
+1/26
-
祈福！
+1/25
-
祈福
+1/17
-
西北工业大学 生科院 秦绪军课题组诚招博士后、博士/硕士研究生【长期有效】
+1/13
-
希望这篇论文能中
+2/12
-
北京理工大学-集成电路与电子学院杰青团队-招博士后
+1/7
-
关于Ghaffar-Parkins催化剂催化氰基水解为酰胺的问题
+1/6
-
西安交通大学杜宝吉课题组招收申请考核制博士生
+2/6
-
北京理工大学-集成电路与电子学院杰青团队-招博士后
+1/6
-
北理工集成电路杰青团队 | 诚招科助理
+1/6
-
北理工集成电路杰青团队 | 诚招科助理
+1/6
-
27推免-广州医科大学封红亮教授招收精神医学应用心理学推免生
+1/5
-
中国科学院生物物理研究所田勇课题组招聘联合培养生
+1/3
-
南京医科大学-冯璋课题组-招收2027级生化与分子生物学专业博士和硕士研究生
+1/3
-
招聘要求 有机合成，应届硕士或者博士
+1/3
-
中国科学技术大学环境学院招聘招生
+1/2
-
海南大学化学院-科研助理招聘 （可读博，可与华中科技大学，天津大学联培）+博后招聘
+1/2
★ ★ ★
wzbhit(金币+2):谢谢参与
zzy870720z(金币+2): 谢谢参与讨论 2011-02-26 14:11:51
wzbhit(金币+5): 2011-02-26 15:20:18
wzbhit(金币+2):谢谢参与
zzy870720z(金币+2): 谢谢参与讨论 2011-02-26 14:11:51
wzbhit(金币+5): 2011-02-26 15:20:18
|
discover和forcite都是经典分子动力学，选用的力场或者叫做经验势进行的模拟，而这样的势函数有很大的局限性，不同的模型是不一定适用的。 建议：1以前是否有人采用经典分子动力学方法模拟过相同或者相似的反应，如果有，就用它用过的力场。或者采用量子分子动力学CPMD用赝势，模拟这个过程；个人认为键不是图上显示有就有，显示无就无 2同上，力场可能不合适 3额 这个没用过 不知道 |
6楼2011-02-26 13:04:32
2楼2011-02-24 15:10:00
3楼2011-02-25 12:16:24
4楼2011-02-25 20:22:19
