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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 经典分子动力学力场、势函数
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ddwy

木虫 (小有名气)

[求助] 经典分子动力学力场、势函数

你好：
我现在在做氨基酸溶液的经典分子动力学模拟，用的是CHARMM力场，里面只包含了很少的无机离子的是函数，但是我现在需要锂、钾、钙等金属离子和其他一些阴离子的是函数，请问，有哪位师兄师姐知道用什么力场可以得到这些信息。万分感谢！！
目前我掌握的力场和势函数的信息很少，还望各位师兄师姐不吝赐教，谢谢！！
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1楼2013-12-03 21:11:03
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ddwy: 金币+10, ★★★很有帮助, 十分感谢 2013-12-04 08:34:13
COMPASS力场包括一下基团或者离子，锂、钾、钙离子在其中：
Group A - Covalent Model    Group B - Ionic Model
Alkanes CnH2n+2 Metals Al, Na, Pt, Pd, Au, Ag, Sn, K, Li, Mo, Fe, W, Ni, Cr, Cu, Pb, Mg
Alkenes CnH2n Metal halides Li+, Na+, K+, Rb+, Cs+, Mg2+, Ca2+, Fe2+, Cu2+, Zn2+, F-, Cl-, Br-, I-
Alkynes CnHn Silica/Aluminosilicates SiO2, AlO2
Benzenes/Aromatics C6H6, -C6H5, C12H10 Metal oxides Li2O, Na2O, K2O, MgO, CaO, SrO, BaO, TiO2, Fe2O3, Al2O3, SnO2, SiO2
Cycloalkanes CnH2n   
Ethers -R-O-R-
Acetals -C(OR)2-
Alcohols -R-OH
Phenols Ar-OH
Amines -NR2
Ammonia NH3
Aldehyde/ketone -CO-
Acids -COOH
Esters -COO-
Carbonates -OCOO-
Amides -CONH-
Carbamates/urethanes -OCONH-
Siloxanes -Si-O-Si-
Silanes -Si-Si-
Small molecules O2, N2, H2, H2O, CO, CO2, CS2, SO2, SO3, NO, NO2, NH3, He, Ne, Ar, Kr, Xe
Alkyl halides R-X (X=F, Cl)
Phosphazenes -N=PX2- (X=F, Cl, NR, OR, R)
Nitro groups -NO2
Nitriles R-CN
Isocyanides RNCO
Sulfides RSR
Thiols RSH
Amineoxides NR3O
Aromatic halides Ar-Cl, Ar-F
Cyanamides -N=C=O
Nitrates R-O-NO2
Sulfates -SO4-
Sulfonates RSO2O-
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
2楼2013-12-03 21:16:45
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zhuhuaxue

新虫 (著名写手)
先学习学习。。。
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3楼2013-12-03 23:00:35
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ddwy

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2013-12-03 21:16:45
COMPASS力场包括一下基团或者离子，锂、钾、钙离子在其中：
Group A - Covalent Model    Group B - Ionic Model
Alkanes CnH2n+2 Metals Al, Na, Pt, Pd, Au, Ag, Sn, K, Li, Mo, Fe, W, Ni, Cr, Cu, Pb, Mg
...

COMPASS力场在DL_POLY软件包可以使用吗？怎样获得这个立场的相关参数，还请详细说明一下，我是刚刚接触这些，还不怎么熟悉。谢谢了
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我喜欢收集微笑没有原因……
4楼2013-12-04 08:33:54
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ddwy at 2013-12-04 08:33:54
COMPASS力场在DL_POLY软件包可以使用吗？怎样获得这个立场的相关参数，还请详细说明一下，我是刚刚接触这些，还不怎么熟悉。谢谢了...

没用过DL_POLY软件，不过我感觉不行，COMPASS有版权的。
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5楼2013-12-04 08:40:08
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ddwy

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 月只蓝 at 2013-12-04 08:40:08
没用过DL_POLY软件，不过我感觉不行，COMPASS有版权的。...

你们用的是COMPASS力场吗？那是不是还要安装相应的程序？
那你们用AMBER立场吗？有AMBER TOOLS程序吗？我用的是DL_POLY软件包，想找更多的无机离子的势函数，请问除了使用COMPASS力场还有什么其他的方法吗？
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6楼2013-12-04 09:26:39
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ddwy at 2013-12-04 09:26:39
你们用的是COMPASS力场吗？那是不是还要安装相应的程序？
那你们用AMBER立场吗？有AMBER TOOLS程序吗？我用的是DL_POLY软件包，想找更多的无机离子的势函数，请问除了使用COMPASS力场还有什么其他的方法吗？...

我用的是MS。没有力场话，参考文献数据，自己拟合是一个办法，不过比较复杂。
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ddwy
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7楼2013-12-04 09:43:27
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ddwy

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by 月只蓝 at 2013-12-04 09:43:27
我用的是MS。没有力场话，参考文献数据，自己拟合是一个办法，不过比较复杂。...

嗯，谢谢了
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8楼2013-12-04 11:29:37
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wangyulinup

金虫 (正式写手)
你好，我也是做氨基酸结构模拟的，可以相互学习
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9楼2013-12-05 11:54:38
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ddwy

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by wangyulinup at 2013-12-05 11:54:38
你好，我也是做氨基酸结构模拟的，可以相互学习

嗯，好，那以后就请多指教了~
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10楼2013-12-06 15:26:28
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