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ddwy木虫 (小有名气)
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经典分子动力学力场、势函数
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你好： 我现在在做氨基酸溶液的经典分子动力学模拟，用的是CHARMM力场，里面只包含了很少的无机离子的是函数，但是我现在需要锂、钾、钙等金属离子和其他一些阴离子的是函数，请问，有哪位师兄师姐知道用什么力场可以得到这些信息。万分感谢！！ 目前我掌握的力场和势函数的信息很少，还望各位师兄师姐不吝赐教，谢谢！！ |
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 分子动力学 | 技术问题 |
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ddwy7楼2013-12-04 09:43:27
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COMPASS力场包括一下基团或者离子，锂、钾、钙离子在其中： Group A - Covalent Model Group B - Ionic Model Alkanes CnH2n+2 Metals Al, Na, Pt, Pd, Au, Ag, Sn, K, Li, Mo, Fe, W, Ni, Cr, Cu, Pb, Mg Alkenes CnH2n Metal halides Li+, Na+, K+, Rb+, Cs+, Mg2+, Ca2+, Fe2+, Cu2+, Zn2+, F-, Cl-, Br-, I- Alkynes CnHn Silica/Aluminosilicates SiO2, AlO2 Benzenes/Aromatics C6H6, -C6H5, C12H10 Metal oxides Li2O, Na2O, K2O, MgO, CaO, SrO, BaO, TiO2, Fe2O3, Al2O3, SnO2, SiO2 Cycloalkanes CnH2n Ethers -R-O-R- Acetals -C(OR)2- Alcohols -R-OH Phenols Ar-OH Amines -NR2 Ammonia NH3 Aldehyde/ketone -CO- Acids -COOH Esters -COO- Carbonates -OCOO- Amides -CONH- Carbamates/urethanes -OCONH- Siloxanes -Si-O-Si- Silanes -Si-Si- Small molecules O2, N2, H2, H2O, CO, CO2, CS2, SO2, SO3, NO, NO2, NH3, He, Ne, Ar, Kr, Xe Alkyl halides R-X (X=F, Cl) Phosphazenes -N=PX2- (X=F, Cl, NR, OR, R) Nitro groups -NO2 Nitriles R-CN Isocyanides RNCO Sulfides RSR Thiols RSH Amineoxides NR3O Aromatic halides Ar-Cl, Ar-F Cyanamides -N=C=O Nitrates R-O-NO2 Sulfates -SO4- Sulfonates RSO2O- |
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