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ddwy

木虫 (小有名气)

[求助] 经典分子动力学力场、势函数

你好:
我现在在做氨基酸溶液的经典分子动力学模拟,用的是CHARMM力场,里面只包含了很少的无机离子的是函数,但是我现在需要锂、钾、钙等金属离子和其他一些阴离子的是函数,请问,有哪位师兄师姐知道用什么力场可以得到这些信息。万分感谢!!
目前我掌握的力场和势函数的信息很少,还望各位师兄师姐不吝赐教,谢谢!!
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ddwy

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2013-12-03 21:16:45
COMPASS力场包括一下基团或者离子,锂、钾、钙离子在其中:
Group A - Covalent Model    Group B - Ionic Model
Alkanes CnH2n+2 Metals Al, Na, Pt, Pd, Au, Ag, Sn, K, Li, Mo, Fe, W, Ni, Cr, Cu, Pb, Mg
...

COMPASS力场在DL_POLY软件包可以使用吗?怎样获得这个立场的相关参数,还请详细说明一下,我是刚刚接触这些,还不怎么熟悉。谢谢了
我喜欢收集微笑没有原因……
4楼2013-12-04 08:33:54
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ddwy

木虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 月只蓝 at 2013-12-04 08:40:08
没用过DL_POLY软件,不过我感觉不行,COMPASS有版权的。...

你们用的是COMPASS力场吗?那是不是还要安装相应的程序?
那你们用AMBER立场吗?有AMBER TOOLS程序吗?我用的是DL_POLY软件包,想找更多的无机离子的势函数,请问除了使用COMPASS力场还有什么其他的方法吗?
我喜欢收集微笑没有原因……
6楼2013-12-04 09:26:39
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ddwy

木虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by 月只蓝 at 2013-12-04 09:43:27
我用的是MS。没有力场话,参考文献数据,自己拟合是一个办法,不过比较复杂。...

嗯,谢谢了
我喜欢收集微笑没有原因……
8楼2013-12-04 11:29:37
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ddwy

木虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by wangyulinup at 2013-12-05 11:54:38
你好,我也是做氨基酸结构模拟的,可以相互学习

嗯,好,那以后就请多指教了~
我喜欢收集微笑没有原因……
10楼2013-12-06 15:26:28
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