| 查看: 4133 | 回复: 9 | |||||
ddwy木虫 (小有名气)
|
[求助]
经典分子动力学力场、势函数
|
|
你好： 我现在在做氨基酸溶液的经典分子动力学模拟，用的是CHARMM力场，里面只包含了很少的无机离子的是函数，但是我现在需要锂、钾、钙等金属离子和其他一些阴离子的是函数，请问，有哪位师兄师姐知道用什么力场可以得到这些信息。万分感谢！！ 目前我掌握的力场和势函数的信息很少，还望各位师兄师姐不吝赐教，谢谢！！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子动力学 | 技术问题 |
» 猜你喜欢
085700资源与环境308求调剂
已经有4人回复
-
生物学调剂招人！！！
已经有4人回复
-
0817 化学工程 299分求调剂 有科研经历 有二区文章
已经有17人回复
-
一志愿武汉理工材料工程专硕调剂
已经有5人回复
-
0856调剂，是学校就去
已经有7人回复
-
申博26年
已经有3人回复
-
一志愿吉林大学材料学硕321求调剂
已经有10人回复
-
0703化学调剂 ，六级已过，有科研经历
已经有12人回复
-
294求调剂材料与化工专硕
已经有13人回复
-
288求调剂
已经有14人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 使用amber力场，一些参数无法获得
已经有5人回复
- 关于MS做分子动力学的问题
已经有8人回复
- MS 进行溶液分子动力学计算时在哪里设置力场参数
已经有5人回复
- 第一性原理分子动力学运用热力学积分求非谐自由能
已经有9人回复
- 分子模拟的关于势函数以及初始构型的几个小问题
已经有15人回复
- 势函数截断距离如何取？
已经有11人回复
- 分子动力学势函数
已经有6人回复
- 关于势函数的求助
已经有23人回复
- 薄膜在lammps条件下的谐振
已经有5人回复
- 可视化软件怎么选择
已经有2人回复
- 分子动力学研究领域的又一重要进展
已经有9人回复
- 拟和Cu-Al势函数
已经有6人回复
- 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
已经有82人回复
- 【求助】MS如何实现水分子与SiO2反应的分子动力学模拟过程（想得到Si-OH键）？
已经有21人回复
- 【求助】第一性原理软件能做NPT系宗分子动力学模拟的原件有哪些？
已经有8人回复
- 【求助】Gulp中的几何优化，MD等和Dmol3的中的有什么区别？
已经有11人回复
- 【求助】塑性与弹性势函数
已经有5人回复
- 【求助】请问哪种方法的模拟结果更加可信？
已经有8人回复
- 【求助】高分子分子动力学模拟的初态设定
已经有5人回复
- 【讨论】关于用Discover做分子动力学
已经有8人回复
月只蓝
主管区长 (职业作家)
-
专家经验: +1059 - 模拟EPI: 1
- 应助: 1712 (讲师)
- 贵宾: 8.888
- 金币: 68127.7
- 散金: 1938
- 红花: 443
- 沙发: 4
- 帖子: 4373
- 在线: 3291.4小时
- 虫号: 1122189
- 注册: 2010-10-14
- 专业: 宇宙学
- 管辖: 计算模拟区
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ddwy: 金币+10, ★★★很有帮助, 十分感谢 2013-12-04 08:34:13
感谢参与，应助指数 +1
ddwy: 金币+10, ★★★很有帮助, 十分感谢 2013-12-04 08:34:13
|
COMPASS力场包括一下基团或者离子，锂、钾、钙离子在其中： Group A - Covalent Model Group B - Ionic Model Alkanes CnH2n+2 Metals Al, Na, Pt, Pd, Au, Ag, Sn, K, Li, Mo, Fe, W, Ni, Cr, Cu, Pb, Mg Alkenes CnH2n Metal halides Li+, Na+, K+, Rb+, Cs+, Mg2+, Ca2+, Fe2+, Cu2+, Zn2+, F-, Cl-, Br-, I- Alkynes CnHn Silica/Aluminosilicates SiO2, AlO2 Benzenes/Aromatics C6H6, -C6H5, C12H10 Metal oxides Li2O, Na2O, K2O, MgO, CaO, SrO, BaO, TiO2, Fe2O3, Al2O3, SnO2, SiO2 Cycloalkanes CnH2n Ethers -R-O-R- Acetals -C(OR)2- Alcohols -R-OH Phenols Ar-OH Amines -NR2 Ammonia NH3 Aldehyde/ketone -CO- Acids -COOH Esters -COO- Carbonates -OCOO- Amides -CONH- Carbamates/urethanes -OCONH- Siloxanes -Si-O-Si- Silanes -Si-Si- Small molecules O2, N2, H2, H2O, CO, CO2, CS2, SO2, SO3, NO, NO2, NH3, He, Ne, Ar, Kr, Xe Alkyl halides R-X (X=F, Cl) Phosphazenes -N=PX2- (X=F, Cl, NR, OR, R) Nitro groups -NO2 Nitriles R-CN Isocyanides RNCO Sulfides RSR Thiols RSH Amineoxides NR3O Aromatic halides Ar-Cl, Ar-F Cyanamides -N=C=O Nitrates R-O-NO2 Sulfates -SO4- Sulfonates RSO2O- |
2楼2013-12-03 21:16:45
3楼2013-12-03 23:00:35
ddwy
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1713.9
- 散金: 15
- 红花: 3
- 帖子: 140
- 在线: 29.2小时
- 虫号: 2224794
- 注册: 2013-01-06
- 性别: MM
- 专业: 项目管理
4楼2013-12-04 08:33:54
月只蓝
主管区长 (职业作家)
-
专家经验: +1059 - 模拟EPI: 1
- 应助: 1712 (讲师)
- 贵宾: 8.888
- 金币: 68127.7
- 散金: 1938
- 红花: 443
- 沙发: 4
- 帖子: 4373
- 在线: 3291.4小时
- 虫号: 1122189
- 注册: 2010-10-14
- 专业: 宇宙学
- 管辖: 计算模拟区
5楼2013-12-04 08:40:08
ddwy
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1713.9
- 散金: 15
- 红花: 3
- 帖子: 140
- 在线: 29.2小时
- 虫号: 2224794
- 注册: 2013-01-06
- 性别: MM
- 专业: 项目管理
6楼2013-12-04 09:26:39
月只蓝
主管区长 (职业作家)
-
专家经验: +1059 - 模拟EPI: 1
- 应助: 1712 (讲师)
- 贵宾: 8.888
- 金币: 68127.7
- 散金: 1938
- 红花: 443
- 沙发: 4
- 帖子: 4373
- 在线: 3291.4小时
- 虫号: 1122189
- 注册: 2010-10-14
- 专业: 宇宙学
- 管辖: 计算模拟区
ddwy7楼2013-12-04 09:43:27
ddwy
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1713.9
- 散金: 15
- 红花: 3
- 帖子: 140
- 在线: 29.2小时
- 虫号: 2224794
- 注册: 2013-01-06
- 性别: MM
- 专业: 项目管理
8楼2013-12-04 11:29:37
wangyulinup
金虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 413.5
- 散金: 216
- 红花: 89
- 帖子: 816
- 在线: 222.3小时
- 虫号: 2528789
- 注册: 2013-07-01
- 性别: GG
- 专业: 环境污染化学
9楼2013-12-05 11:54:38
ddwy
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1713.9
- 散金: 15
- 红花: 3
- 帖子: 140
- 在线: 29.2小时
- 虫号: 2224794
- 注册: 2013-01-06
- 性别: MM
- 专业: 项目管理
10楼2013-12-06 15:26:28
