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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 关于MS动力学精度设置问题
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 关于MS动力学精度设置问题

跑一个动力学任务，离不开对非键作用的设置，对于vdw作用可以使用cutoff，设置小于盒子尺寸的一半，对于静电作用，用的比较多的是Ewald。
问题就是这个Ewald精度到底该如何选择？
抛砖引玉：假设有一个含有200个分子的体系，盒子尺寸大概是30X30X20，cutoff选择9.5，Ewald精度该选择多少呢？MS此时默认为0.01。
MS默认精度是5000，体系温度是298K，是不是通过约化能量公式，设置Ewald精度使得体系平衡时能量随时间比在5%内，也就是0.0001？
向大家请教，该如何理清呢？
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1楼2013-10-13 09:22:21
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)
顶一下  希望有人来讨论呀
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2楼2013-10-14 08:26:16
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c25968

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cg陈: 金币+2, ★有帮助 2013-10-14 09:24:45
你可以把几个精度都试试 然后看看计算结果又什么区别
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3楼2013-10-14 08:33:05
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by c25968 at 2013-10-14 08:33:05
你可以把几个精度都试试 然后看看计算结果又什么区别

嗯 精度测试肯定是要做的

有没有Ewald精度选择的理论判据呀？
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4楼2013-10-14 09:26:39
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siyecao0425

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用MS5.0中的DPD模块对所划分的珠子大小没有区分，但是实际上珠子的差别很大，那请问怎样能减小误差，或者来解释这一问题，希望各位高手指点迷津，感激不尽！
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5楼2013-10-15 08:34:08
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