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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 关于MS动力学精度设置问题

跑一个动力学任务,离不开对非键作用的设置,对于vdw作用可以使用cutoff,设置小于盒子尺寸的一半,对于静电作用,用的比较多的是Ewald。
问题就是这个Ewald精度到底该如何选择?
抛砖引玉:假设有一个含有200个分子的体系,盒子尺寸大概是30X30X20,cutoff选择9.5,Ewald精度该选择多少呢?MS此时默认为0.01。
MS默认精度是5000,体系温度是298K,是不是通过约化能量公式,设置Ewald精度使得体系平衡时能量随时间比在5%内,也就是0.0001?
向大家请教,该如何理清呢?
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siyecao0425

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
用MS5.0中的DPD模块对所划分的珠子大小没有区分,但是实际上珠子的差别很大,那请问怎样能减小误差,或者来解释这一问题,希望各位高手指点迷津,感激不尽!
5楼2013-10-15 08:34:08
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

顶一下  希望有人来讨论呀
2楼2013-10-14 08:26:16
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c25968

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cg陈: 金币+2, ★有帮助 2013-10-14 09:24:45
你可以把几个精度都试试 然后看看计算结果又什么区别
3楼2013-10-14 08:33:05
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by c25968 at 2013-10-14 08:33:05
你可以把几个精度都试试 然后看看计算结果又什么区别

嗯 精度测试肯定是要做的

有没有Ewald精度选择的理论判据呀?
4楼2013-10-14 09:26:39
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