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cg陈铁杆木虫 (著名写手)
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关于MS动力学精度设置问题
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跑一个动力学任务，离不开对非键作用的设置，对于vdw作用可以使用cutoff，设置小于盒子尺寸的一半，对于静电作用，用的比较多的是Ewald。 问题就是这个Ewald精度到底该如何选择？ 抛砖引玉：假设有一个含有200个分子的体系，盒子尺寸大概是30X30X20，cutoff选择9.5，Ewald精度该选择多少呢？MS此时默认为0.01。 MS默认精度是5000，体系温度是298K，是不是通过约化能量公式，设置Ewald精度使得体系平衡时能量随时间比在5%内，也就是0.0001？ 向大家请教，该如何理清呢？ |
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5楼2013-10-15 08:34:08
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