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dq20081935铜虫 (小有名气)
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MS discover dynanic报错
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大家给分析下这是怎样引起的，怎样处理？ ERROR Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION, 5000.000 其设置如下：Begin Forcefield Section begin forcefield = compass # # Nonbond section: forcefield nonbond \ -separate_coulomb \ vdw \ summation_method = atom_based \ cutoff = 9.50 \ spline_width = 1.00 \ buffer_width = 0.50 \ coulomb \ dielectric_value = 1.0000 # # vdW long range energy correction vdWTailCorrection 9.50 # End Forcefield Section # # Dynamics Section: dynamics \ time = 5000.00 \ timestep = 1.00 \ initial_temperature = 1498.00 \ ensemble = NPT \ temperature_control_method = andersen \ collision_ratio = 1.00 \ temperature = 1498.00 \ press_choice = pressure \ pressure = 0.10000 \ pressure_control_method = berendsen_pc \ press_decay_constant = 0.10 \ deviation = 5000.00 \ execute frequency = 500.00 \ |
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在动力学参数设置的时候，点击系综后面的more,将energy deviation的值从5000改的大一些，多加上几个0. 还有，在能量最小化的时候可能是没有收敛就跑MD了。将最小化的步数改长一些。比如设置最小化1000步，那么真就跑了1000步，很有可能没收敛。设置个50000步，确保收敛。 |
7楼2012-05-08 22:38:22
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