24小时热门版块排行榜    

查看: 2689  |  回复: 10
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

dq20081935

铜虫 (小有名气)

[求助] MS discover dynanic报错

大家给分析下这是怎样引起的,怎样处理?
ERROR Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION, 5000.000


其设置如下:Begin Forcefield Section
  begin forcefield = compass
#
# Nonbond section:
  forcefield nonbond \
      -separate_coulomb \
    vdw \
    summation_method = atom_based \
      cutoff = 9.50 \
      spline_width = 1.00 \
      buffer_width = 0.50 \
    coulomb \
    dielectric_value = 1.0000
#
# vdW long range energy correction
  vdWTailCorrection 9.50
# End Forcefield Section
#
# Dynamics Section:
  dynamics \
    time = 5000.00 \
    timestep = 1.00 \
    initial_temperature = 1498.00 \
    ensemble = NPT \
    temperature_control_method = andersen \
    collision_ratio = 1.00 \
    temperature = 1498.00 \
    press_choice = pressure \
    pressure = 0.10000 \
    pressure_control_method = berendsen_pc \
    press_decay_constant = 0.10 \
    deviation = 5000.00 \
    execute frequency = 500.00 \
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

visualization

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by dq20081935 at 2012-05-09 07:51:05:
如果“将energy deviation的值从5000改的大一些,”会不会影响计算精度啊?还请分析下,谢谢!

不会。这只是积分计算的时候一个判据
9楼2012-05-09 10:07:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

dq20081935

铜虫 (小有名气)

谢谢!!!刚看了一下,问题还有待解决啊!!!
2楼2012-05-07 17:00:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

安德

铁杆木虫 (著名写手)

** *_** ___ ***_ * _*

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-07 21:59:38
dq20081935: 金币+1 2012-05-08 15:28:46
你把步长设的小些,再看看!
That'sit! Justdoit!
3楼2012-05-07 17:09:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dq20081935

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 安德 at 2012-05-07 17:09:45:
你把步长设的小些,再看看!

我把时间步长设成了0.5,动态模拟时间设成了50,精度改成中等,还报如上错误,另外我查看了一下在动态的out文件里还有如下警告大侠分析下是怎莫回事?


# of automatic parameters : 0
Warning: Energy:   The simulation box is not neutral.
4楼2012-05-08 15:28:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +23 Lanmanbaby 2026-08-09 37/1850 2026-08-14 13:40 by Equinoxhua
[基金申请] filecode +5 cratir 2026-08-14 9/450 2026-08-14 12:25 by 医学老男孩
[论文投稿] 职称评审,求友友推荐见刊最快的期刊 +5 工厂打螺丝 2026-08-08 5/250 2026-08-14 11:03 by 玖戈弋
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +5 启萌科技 2026-08-12 13/650 2026-08-14 10:53 by lnjx2024
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] FileCode能看出啥? +10 要乐观耀哥 2026-08-10 32/1600 2026-08-14 09:37 by 要乐观耀哥
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +10 家与远方 2026-08-10 15/750 2026-08-14 02:08 by 绵羊哥哥
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +3 yuleib84 2026-08-11 3/150 2026-08-11 21:53 by jnhyjjm
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] fileCode有新解读? +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode,很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变,有变的大神么? +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
信息提示
请填处理意见