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dq20081935

铜虫 (小有名气)

[求助] MS discover dynanic报错

大家给分析下这是怎样引起的,怎样处理?
ERROR Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION, 5000.000


其设置如下:Begin Forcefield Section
  begin forcefield = compass
#
# Nonbond section:
  forcefield nonbond \
      -separate_coulomb \
    vdw \
    summation_method = atom_based \
      cutoff = 9.50 \
      spline_width = 1.00 \
      buffer_width = 0.50 \
    coulomb \
    dielectric_value = 1.0000
#
# vdW long range energy correction
  vdWTailCorrection 9.50
# End Forcefield Section
#
# Dynamics Section:
  dynamics \
    time = 5000.00 \
    timestep = 1.00 \
    initial_temperature = 1498.00 \
    ensemble = NPT \
    temperature_control_method = andersen \
    collision_ratio = 1.00 \
    temperature = 1498.00 \
    press_choice = pressure \
    pressure = 0.10000 \
    pressure_control_method = berendsen_pc \
    press_decay_constant = 0.10 \
    deviation = 5000.00 \
    execute frequency = 500.00 \
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安德

铁杆木虫 (著名写手)

** *_** ___ ***_ * _*

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-07 21:59:38
dq20081935: 金币+1 2012-05-08 15:28:46
你把步长设的小些,再看看!
That'sit! Justdoit!
3楼2012-05-07 17:09:45
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查看全部 11 个回答

dq20081935

铜虫 (小有名气)

谢谢!!!刚看了一下,问题还有待解决啊!!!
2楼2012-05-07 17:00:16
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dq20081935

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 安德 at 2012-05-07 17:09:45:
你把步长设的小些,再看看!

我把时间步长设成了0.5,动态模拟时间设成了50,精度改成中等,还报如上错误,另外我查看了一下在动态的out文件里还有如下警告大侠分析下是怎莫回事?


# of automatic parameters : 0
Warning: Energy:   The simulation box is not neutral.
4楼2012-05-08 15:28:02
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安德

铁杆木虫 (著名写手)

** *_** ___ ***_ * _*

【答案】应助回帖


dq20081935: 金币+1, ★★★很有帮助 2012-05-08 17:19:00
那是因为你模拟的体系不是电中性的,另外,你可以把步长再往小改改看。
That'sit! Justdoit!
5楼2012-05-08 16:48:08
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