应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS discover dynanic报错
51/1返回列表
查看: 2685  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

dq20081935

铜虫 (小有名气)

[求助] MS discover dynanic报错

大家给分析下这是怎样引起的，怎样处理？
ERROR Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION, 5000.000


其设置如下：Begin Forcefield Section
  begin forcefield = compass
#
# Nonbond section:
  forcefield nonbond \
      -separate_coulomb \
    vdw \
    summation_method = atom_based \
      cutoff = 9.50 \
      spline_width = 1.00 \
      buffer_width = 0.50 \
    coulomb \
    dielectric_value = 1.0000
#
# vdW long range energy correction
  vdWTailCorrection 9.50
# End Forcefield Section
#
# Dynamics Section:
  dynamics \
    time = 5000.00 \
    timestep = 1.00 \
    initial_temperature = 1498.00 \
    ensemble = NPT \
    temperature_control_method = andersen \
    collision_ratio = 1.00 \
    temperature = 1498.00 \
    press_choice = pressure \
    pressure = 0.10000 \
    pressure_control_method = berendsen_pc \
    press_decay_constant = 0.10 \
    deviation = 5000.00 \
    execute frequency = 500.00 \
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子模拟

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-05-07 15:27:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

安德

铁杆木虫 (著名写手)

** *_** ___ ***_ * _*

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-07 21:59:38
dq20081935: 金币+1 2012-05-08 15:28:46
你把步长设的小些，再看看！
赞一下 回复此楼
That'sit! Justdoit!
3楼2012-05-07 17:09:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

dq20081935

铜虫 (小有名气)
谢谢！！！刚看了一下，问题还有待解决啊！！！
赞一下 回复此楼
2楼2012-05-07 17:00:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dq20081935

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 安德 at 2012-05-07 17:09:45:
你把步长设的小些，再看看！

我把时间步长设成了0.5，动态模拟时间设成了50，精度改成中等，还报如上错误，另外我查看了一下在动态的out文件里还有如下警告大侠分析下是怎莫回事？


# of automatic parameters : 0
Warning: Energy:   The simulation box is not neutral.
赞一下 回复此楼
4楼2012-05-08 15:28:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

安德

铁杆木虫 (著名写手)

** *_** ___ ***_ * _*

【答案】应助回帖

★
dq20081935: 金币+1, ★★★很有帮助 2012-05-08 17:19:00
那是因为你模拟的体系不是电中性的，另外，你可以把步长再往小改改看。
赞一下(1人) 回复此楼
That'sit! Justdoit!
5楼2012-05-08 16:48:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 澳大利亚 Murdoch University 全奖博士招生（3个名额）地质化工冶金领域 +65 AI8RaGaPaSCR 2026-08-07 68/3400 2026-08-14 06:45 by QNSXhxdpnY4H
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +9 majunge000 2026-08-10 12/600 2026-08-13 23:20 by iwuli
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +3 启萌科技 2026-08-12 11/550 2026-08-13 22:57 by 启萌科技
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +9 Tide man 2026-08-10 10/500 2026-08-13 20:33 by 温淼淼淼
[硕博家园] 一作与独作在应聘高校教师时区别大吗 +3 mbygzh 2026-08-08 4/200 2026-08-13 19:31 by 龙-樱
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] FileCode能看出啥？ +10 要乐观耀哥 2026-08-10 28/1400 2026-08-13 17:51 by 医学老男孩
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +4 majunge000 2026-08-11 6/300 2026-08-13 16:50 by 四季常青藤
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +22 Lanmanbaby 2026-08-09 36/1800 2026-08-12 22:50 by sdfapple719
[基金申请] 好奇怪的filecode +5 布布和一二 2026-08-08 6/300 2026-08-12 16:11 by 云上清扬
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +7 布布和一二 2026-08-10 10/500 2026-08-12 09:12 by 布布和一二
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？ +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 关于代码变化问题，想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭