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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS discover dynanic报错
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dq20081935

铜虫 (小有名气)

[求助] MS discover dynanic报错

大家给分析下这是怎样引起的，怎样处理？
ERROR Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION, 5000.000


其设置如下：Begin Forcefield Section
  begin forcefield = compass
#
# Nonbond section:
  forcefield nonbond \
      -separate_coulomb \
    vdw \
    summation_method = atom_based \
      cutoff = 9.50 \
      spline_width = 1.00 \
      buffer_width = 0.50 \
    coulomb \
    dielectric_value = 1.0000
#
# vdW long range energy correction
  vdWTailCorrection 9.50
# End Forcefield Section
#
# Dynamics Section:
  dynamics \
    time = 5000.00 \
    timestep = 1.00 \
    initial_temperature = 1498.00 \
    ensemble = NPT \
    temperature_control_method = andersen \
    collision_ratio = 1.00 \
    temperature = 1498.00 \
    press_choice = pressure \
    pressure = 0.10000 \
    pressure_control_method = berendsen_pc \
    press_decay_constant = 0.10 \
    deviation = 5000.00 \
    execute frequency = 500.00 \
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1楼 2012-05-07 15:27:18
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

安德

铁杆木虫 (著名写手)

** *_** ___ ***_ * _*

【答案】应助回帖

★
dq20081935: 金币+1, ★★★很有帮助 2012-05-08 17:19:00
那是因为你模拟的体系不是电中性的，另外，你可以把步长再往小改改看。
赞一下(1人) 回复此楼
That'sit! Justdoit!
5楼2012-05-08 16:48:08
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普通回帖

dq20081935

铜虫 (小有名气)
谢谢！！！刚看了一下，问题还有待解决啊！！！
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2楼2012-05-07 17:00:16
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安德

铁杆木虫 (著名写手)

** *_** ___ ***_ * _*

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-07 21:59:38
dq20081935: 金币+1 2012-05-08 15:28:46
你把步长设的小些，再看看！
赞一下 回复此楼
That'sit! Justdoit!
3楼2012-05-07 17:09:45
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dq20081935

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 安德 at 2012-05-07 17:09:45:
你把步长设的小些，再看看！

我把时间步长设成了0.5，动态模拟时间设成了50，精度改成中等，还报如上错误，另外我查看了一下在动态的out文件里还有如下警告大侠分析下是怎莫回事？


# of automatic parameters : 0
Warning: Energy:   The simulation box is not neutral.
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4楼2012-05-08 15:28:02
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dq20081935

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 安德 at 2012-05-08 16:48:08:
那是因为你模拟的体系不是电中性的，另外，你可以把步长再往小改改看。

我建的是纯铁模型，应该是电中性的啊？我模拟纯铁的淬火的过程，那怎末设置呢？
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6楼2012-05-08 17:18:49
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visualization

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-08 22:45:57
dq20081935: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-05-09 07:48:12
dq20081935: 金币+1 2012-05-09 11:33:22
在动力学参数设置的时候，点击系综后面的more,将energy deviation的值从5000改的大一些，多加上几个0.
还有，在能量最小化的时候可能是没有收敛就跑MD了。将最小化的步数改长一些。比如设置最小化1000步，那么真就跑了1000步，很有可能没收敛。设置个50000步，确保收敛。
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7楼2012-05-08 22:38:22
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dq20081935

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by visualization at 2012-05-08 22:38:22:
在动力学参数设置的时候，点击系综后面的more,将energy deviation的值从5000改的大一些，多加上几个0.
还有，在能量最小化的时候可能是没有收敛就跑MD了。将最小化的步数改长一些。比如设置最小化1000步，那么真 ...

如果“将energy deviation的值从5000改的大一些,”会不会影响计算精度啊？还请分析下，谢谢！
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8楼2012-05-09 07:51:05
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visualization

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by dq20081935 at 2012-05-09 07:51:05:
如果“将energy deviation的值从5000改的大一些,”会不会影响计算精度啊？还请分析下，谢谢！

不会。这只是积分计算的时候一个判据
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9楼2012-05-09 10:07:11
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dq20081935

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by visualization at 2012-05-09 10:07:11:
不会。这只是积分计算的时候一个判据

谢谢你的回复，问题已经解决了，刚开始建模的错，我设了一个并不了解的空间群（196F）导致添加的铁原子是二价态的，从而报出Warning: Energy:   The simulation box is not neutral.
谢谢你的帮助，让我了解了更多的处理方案！
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10楼2012-05-09 11:32:55
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