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wzbhit

至尊木虫 (著名写手)

应助: 84 (初中生)
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[交流] 【求助】MS如何实现水分子与SiO2反应的分子动力学模拟过程（想得到Si-OH键）？

1、MS Discover或Forcite模块（其它模块也可以）如何实现水分子（H2O）与SiO2反应的分子动力学过程（想得到Si-OH键）？如何放置水分子到SiO2表面？
参考MS tutorial，直接把水分子粘贴放置到SiO2表面，但是Discover Dynamic后观察轨迹文件，没有任何水分子要与SiO2反应的迹象，没有形成Si-OH。
2、MS中如何实现将两片SiO2放置到一起？已使用方法：使用MS Build —> Build layer来将第一层放SiO2、第二层也放SiO2。但是用Discover模拟，查看轨迹文件没有任何形成Si-O-Si键的过程。
3、MS中把晶体形态的SiO2高温退火后得到的是否是非晶态的SiO2？如何实现高温退火处理，用的Forcite anneal是否可以做到？
以上三个问题困扰小弟很久了，希望前辈们指点，十分感谢！

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1楼2011-02-24 09:34:20

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

算了，不想吐槽了，涉及到键断裂生成的过程除了反应力场和first principle没有别的选择，要得到历程除了动力学(dynamics)模拟，通过搜索过渡态进行反应动力学(kinetics)也是一种方案。对于first principle涉及到溶剂化问题能够减小计算量的方案可以是QM/MM，也可以采用SCRF（隐式溶剂化），或者采用DFTB的半经验方法来减小计算量。非金属体系CPMD也是好的选择。

“文献上说：将水分子随即放置到切割SiO2表面，跑动力学，然后就会生成Si-OH”，如果你确定文献是采用经典动力学做的，很大概率应该是采用了反应力场做的。

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