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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】各种分子对接软件的速度和精度比较
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zjz660964

铁虫 (初入文坛)

[交流] 【讨论】各种分子对接软件的速度和精度比较 已有13人参与

目前流行的分子对接软件很多，比如AutoDock，DOCK，FRED，Surflex，FlexX，Glide，GOLD，ICM，MVD等等，请大家分析一下各个软件在对接的精度以及速度方面的差异。那种软件速度最快？哪种精度最高？还有使用的难易程度的差别？
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1楼 2010-05-29 22:35:35
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-06-05 19:01:23
曾经在某一个blog里面见过有人简单试用的写了一下心得，LZ可以去google一下
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10楼2010-06-05 14:55:53
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普通回帖

zhangdagou5858

银虫 (小有名气)
★ ★
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-30 08:43:43
对接的基本理论都差不多，所以差别应该不大
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2楼2010-05-30 03:56:32
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cy2003

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
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lei0736(金币+2):谢谢 2010-05-30 09:44:14
这个得区分一下吧，是柔性对接还是刚性对接软件？对接精度还与打分函数有关。虽然软件基本理论差不多，但用起来区别还是挺大的。
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3楼2010-05-30 09:23:01
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银光闪烁

新虫 (初入文坛)

共同探讨

★ ★ ★ ★
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ghcacj(金币+3):谢谢 2010-05-31 16:01:52
用过MVD和AutoDock，别的没用过的不敢妄加评论

据文献说MVD对接精度挺高，高于Glide、Surflex、FlexX及GOLD，对接起来大概平均每个分子10分钟。

AutoDock使用更广泛，不过步骤比较复杂一点，对接速度也相应慢一些
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4楼2010-05-31 14:17:18
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CADD

银虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
用过Surflex，MVD,CDOCKER,FRED.

觉得MVD,CDOCKER挺好的，Surflex不太好，我的分子是顺势的，但是对接后就变成反式的了。

FRED感觉不太好。
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5楼2010-05-31 21:07:16
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nh13

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-01 08:11:21
推荐MVD和Gold。
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6楼2010-05-31 22:13:53
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-01 08:11:33
公说公有理，婆说婆有理，各有各的理。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
7楼2010-06-01 08:05:15
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张军帅

木虫 (正式写手)
★ ★
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-05 08:02:40
虽然理论差不多，但是根据软件本身的参数设置，对接的精度，速度肯定是有差别的
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人生若只如初见
8楼2010-06-04 08:37:18
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CADD

银虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-05 08:02:46
用过surflex，fred，MVD,GOLD .觉得surflex和fred感觉不是很好。呵呵。
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9楼2010-06-04 20:44:54
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