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zjz660964

铁虫 (初入文坛)

[交流] 【讨论】各种分子对接软件的速度和精度比较 已有13人参与

目前流行的分子对接软件很多,比如AutoDock,DOCK,FRED,Surflex,FlexX,Glide,GOLD,ICM,MVD等等,请大家分析一下各个软件在对接的精度以及速度方面的差异。那种软件速度最快?哪种精度最高?还有使用的难易程度的差别?
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arthurii

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-06-05 19:01:23
曾经在某一个blog里面见过有人简单试用的写了一下心得,LZ可以去google一下
10楼2010-06-05 14:55:53
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普通回帖

zhangdagou5858

银虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-30 08:43:43
对接的基本理论都差不多,所以差别应该不大
2楼2010-05-30 03:56:32
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cy2003

新虫 (初入文坛)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-05-30 09:44:14
这个得区分一下吧,是柔性对接还是刚性对接软件?对接精度还与打分函数有关。虽然软件基本理论差不多,但用起来区别还是挺大的。
3楼2010-05-30 09:23:01
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银光闪烁

新虫 (初入文坛)

共同探讨

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-05-31 16:01:52
用过MVD和AutoDock,别的没用过的不敢妄加评论

据文献说MVD对接精度挺高,高于Glide、Surflex、FlexX及GOLD,对接起来大概平均每个分子10分钟。

AutoDock使用更广泛,不过步骤比较复杂一点,对接速度也相应慢一些
4楼2010-05-31 14:17:18
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CADD

银虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
用过Surflex,MVD,CDOCKER,FRED.

觉得MVD,CDOCKER挺好的,Surflex不太好,我的分子是顺势的,但是对接后就变成反式的了。

FRED感觉不太好。
5楼2010-05-31 21:07:16
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nh13

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-01 08:11:21
推荐MVD和Gold。
6楼2010-05-31 22:13:53
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-01 08:11:33
公说公有理,婆说婆有理,各有各的理。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
7楼2010-06-01 08:05:15
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张军帅

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-05 08:02:40
虽然理论差不多,但是根据软件本身的参数设置,对接的精度,速度肯定是有差别的
人生若只如初见
8楼2010-06-04 08:37:18
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CADD

银虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-05 08:02:46
用过surflex,fred,MVD,GOLD .觉得surflex和fred感觉不是很好。呵呵。
9楼2010-06-04 20:44:54
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