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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】各种分子对接软件的速度和精度比较
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zjz660964

铁虫 (初入文坛)

[交流] 【讨论】各种分子对接软件的速度和精度比较 已有13人参与

目前流行的分子对接软件很多，比如AutoDock，DOCK，FRED，Surflex，FlexX，Glide，GOLD，ICM，MVD等等，请大家分析一下各个软件在对接的精度以及速度方面的差异。那种软件速度最快？哪种精度最高？还有使用的难易程度的差别？
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1楼 2010-05-29 22:35:35
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银光闪烁

新虫 (初入文坛)

共同探讨

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-05-31 16:01:52
用过MVD和AutoDock，别的没用过的不敢妄加评论

据文献说MVD对接精度挺高，高于Glide、Surflex、FlexX及GOLD，对接起来大概平均每个分子10分钟。

AutoDock使用更广泛，不过步骤比较复杂一点，对接速度也相应慢一些
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4楼2010-05-31 14:17:18
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zhangdagou5858

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-30 08:43:43
对接的基本理论都差不多，所以差别应该不大
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2楼2010-05-30 03:56:32
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cy2003

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-05-30 09:44:14
这个得区分一下吧，是柔性对接还是刚性对接软件？对接精度还与打分函数有关。虽然软件基本理论差不多，但用起来区别还是挺大的。
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3楼2010-05-30 09:23:01
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CADD

银虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
用过Surflex，MVD,CDOCKER,FRED.

觉得MVD,CDOCKER挺好的，Surflex不太好，我的分子是顺势的，但是对接后就变成反式的了。

FRED感觉不太好。
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5楼2010-05-31 21:07:16
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