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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 对接的分子用于分子动力学模拟的问题
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haiyanqian

木虫 (小有名气)

[求助] 对接的分子用于分子动力学模拟的问题 已有2人参与

我想请问一下大家，就是在用Amber进行分子动力学模拟的时候，对于没有晶体结构的分子，通过分子对接的方法将配体对接进去。然后用于动力学的模拟，比如说我进行了10ns 的分子动力学模拟，我后面取出最后的小分子构象，与最初的小分子对接的构象进行叠合，发现结构变化还是挺大的。我不知道这个结果是不是属于正常现象，跑完动力学的构象与之前得对接结果是会有差异的，还是说我最初的分子对接的构象就不合理呢？
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1楼 2014-01-20 16:52:59
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haiyanqian

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by smutao at 2014-01-23 11:38:19
侧链不完整 另外 缺少氨基酸
...

一般侧链不完整或者是缺失氨基酸的话跑动力学是会出错的，那些缺失的部分在进行动力学模拟之前都是需要补全才可以进行MD的。
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12楼2014-01-23 14:40:58
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870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-21 18:13:42
就是会有不一样的，你跑完模拟导出的构象，是最后一帧的构象，肯定会发生变化的，这是正常现象
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2楼2014-01-21 14:39:25
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haiyanqian

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 870277182 at 2014-01-21 14:39:25
就是会有不一样的，你跑完模拟导出的构象，是最后一帧的构象，肯定会发生变化的，这是正常现象

还有我想请问一下，就是对于有晶体结构，一般文献上面跑个几个ns蛋白的碳骨架还有口袋残基的RMSD基本上就很平了，而我那个一直不是很平。从结构上来看，我的蛋白口袋附近有个比较大的Loop区 ，您之前做动力学的时候有没有遇到过类似的这样的蛋白，后面是怎么做的呢？
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3楼2014-01-22 10:01:27
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smutao

禁虫 (著名写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-23 16:22:45
本帖内容被屏蔽

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haiyanqian
4楼2014-01-22 21:41:39
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