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haiyanqian

木虫 (小有名气)

[求助] 对接的分子用于分子动力学模拟的问题 已有2人参与

我想请问一下大家,就是在用Amber进行分子动力学模拟的时候,对于没有晶体结构的分子,通过分子对接的方法将配体对接进去。然后用于动力学的模拟,比如说我进行了10ns 的分子动力学模拟,我后面取出最后的小分子构象,与最初的小分子对接的构象进行叠合,发现结构变化还是挺大的。我不知道这个结果是不是属于正常现象,跑完动力学的构象与之前得对接结果是会有差异的,还是说我最初的分子对接的构象就不合理呢?
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smutao

禁虫 (著名写手)

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7楼2014-01-22 22:11:23
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870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-21 18:13:42
就是会有不一样的,你跑完模拟导出的构象,是最后一帧的构象,肯定会发生变化的,这是正常现象
2楼2014-01-21 14:39:25
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haiyanqian

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 870277182 at 2014-01-21 14:39:25
就是会有不一样的,你跑完模拟导出的构象,是最后一帧的构象,肯定会发生变化的,这是正常现象

还有我想请问一下,就是对于有晶体结构,一般文献上面跑个几个ns蛋白的碳骨架还有口袋残基的RMSD基本上就很平了,而我那个一直不是很平。从结构上来看,我的蛋白口袋附近有个比较大的Loop区 ,您之前做动力学的时候有没有遇到过类似的这样的蛋白,后面是怎么做的呢?
3楼2014-01-22 10:01:27
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smutao

禁虫 (著名写手)


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-23 16:22:45
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4楼2014-01-22 21:41:39
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