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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何将amber的轨迹文件mdcrd格式转换成gromacs的轨迹文件格式 trr呢
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zjahu

铁虫 (初入文坛)

[求助] 如何将amber的轨迹文件mdcrd格式转换成gromacs的轨迹文件格式 trr呢 已有1人参与

求助：如何将amber的轨迹文件mdcrd格式转换成gromacs的轨迹文件格式 trr呢,什么软件能够实现？

[ Last edited by zjahu on 2014-5-21 at 14:42 ]
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1楼 2014-05-21 14:35:51
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smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zjahu: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2014-05-21 19:09:30
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 19:18:11
本帖内容被屏蔽
2楼2014-05-21 15:23:07
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zjahu

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-05-21 15:23:07
have a try CATDCD
developed by UIUC

这个插件是要装在VMD下吗？
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3楼2014-05-21 15:58:35
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smutao

禁虫 (著名写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 19:18:17
本帖内容被屏蔽
4楼2014-05-21 16:06:31
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zjahu

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by smutao at 2014-05-21 16:06:31
可以独立运行...

谢谢您的回答，我安装了catdcd，照着说明输入 这种格式输入
catdcd -o eq_all.dcd eq01.dcd eq02.dcd eq03.dcd ，会报错，不能识别我的crd文件，是不是需要什么脚本转换呢？谢谢！
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5楼2014-05-21 19:13:24
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chenhang07

金虫 (正式写手)
ambertools13里面cpptraj 就可以直接转换。
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6楼2015-04-20 10:47:38
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