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1楼2014-02-19 10:58:28

smutao

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2楼2014-02-19 19:05:12

870277182

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gromacs好像不能单独的分析氢键的能量，可以md -rerun，重跑了能量文件，然后用g_energy分析能量

3楼2014-02-19 21:30:48

三木713

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2楼: Originally posted by smutao at 2014-02-19 19:05:12
可以使用catdcd工具将gromacs的轨迹输出成amber的轨迹格式后
使用ambertools里面的轨迹分析工具进行分析氢键能量

好的，我先去试一试，不懂得再请教你，谢谢

4楼2014-02-20 08:52:51

三木713

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3楼: Originally posted by 870277182 at 2014-02-19 21:30:48
gromacs好像不能单独的分析氢键的能量，可以md -rerun，重跑了能量文件，然后用g_energy分析能量

能说的在具体一点么，，，十分感谢啊

5楼2014-02-20 08:53:24

870277182

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引用回帖:

5楼: Originally posted by 三木713 at 2014-02-20 08:53:24
能说的在具体一点么，，，十分感谢啊...

就是mdrun 下边有一个-rerun，然后你得生成一个新的能量文件，比较复杂的，一句话两句话说不清数，包括参数文件什么的都要自己修改，生成新的tpr文件，然后就可以用g-energy 分析了

6楼2014-02-20 12:29:21

三木713

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引用回帖:

3楼: Originally posted by 870277182 at 2014-02-19 21:30:48
gromacs好像不能单独的分析氢键的能量，可以md -rerun，重跑了能量文件，然后用g_energy分析能量

可以给一个指令的模板么、、、需要输入什么输出什么文件、、跪拜、、

7楼2014-02-24 19:25:35