应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 菜鸟求助。用gromacs的什么指令可以分析氢键能大小？
71/1返回列表
查看: 2340  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

三木713

新虫 (小有名气)

[求助] 菜鸟求助。用gromacs的什么指令可以分析氢键能大小？ 已有2人参与

用gromacs的什么指令可以分析氢键能大小？？怎么分析啊？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

氢键

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-02-19 10:58:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-02-19 21:13:50
三木713: 金币+4, ★★★★★最佳答案 2014-02-20 08:52:21
本帖内容被屏蔽
2楼2014-02-19 19:05:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-20 08:22:44
三木713: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-02-20 08:53:04
gromacs好像不能单独的分析氢键的能量，可以md -rerun，重跑了能量文件，然后用g_energy分析能量
赞一下 回复此楼
3楼2014-02-19 21:30:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-02-19 19:05:12
可以使用catdcd工具将gromacs的轨迹输出成amber的轨迹格式后
使用ambertools里面的轨迹分析工具进行分析氢键能量

好的，我先去试一试，不懂得再请教你，谢谢
赞一下 回复此楼
4楼2014-02-20 08:52:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 870277182 at 2014-02-19 21:30:48
gromacs好像不能单独的分析氢键的能量，可以md -rerun，重跑了能量文件，然后用g_energy分析能量

能说的在具体一点么，，，十分感谢啊
赞一下 回复此楼
5楼2014-02-20 08:53:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-20 21:52:44
引用回帖:
5楼: Originally posted by 三木713 at 2014-02-20 08:53:24
能说的在具体一点么，，，十分感谢啊...

就是mdrun  下边有一个-rerun，然后你得生成一个新的能量文件，比较复杂的，一句话两句话说不清数，包括参数文件什么的都要自己修改，生成新的tpr文件，然后就可以用g-energy 分析了
赞一下 回复此楼
6楼2014-02-20 12:29:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 870277182 at 2014-02-19 21:30:48
gromacs好像不能单独的分析氢键的能量，可以md -rerun，重跑了能量文件，然后用g_energy分析能量

可以给一个指令的模板么、、、需要输入什么输出什么文件、、跪拜、、
赞一下 回复此楼
7楼2014-02-24 19:25:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 三木713 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 7lpolszZVXgi 2026-08-14 5/250 2026-08-15 04:41 by 4wMiSEwB6436
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 7lpolszZVXgi 2026-08-14 6/300 2026-08-15 04:21 by 4wMiSEwB6436
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 4/200 2026-08-15 02:21 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +11 Tide man 2026-08-10 12/600 2026-08-15 02:12 by home3163
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 4/200 2026-08-15 01:28 by 4wMiSEwB6436
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 7lpolszZVXgi 2026-08-14 4/200 2026-08-15 01:08 by 4wMiSEwB6436
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 HFw0lei2R37i 2026-08-14 8/400 2026-08-15 00:16 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 22/1100 2026-08-14 23:45 by Noways
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 5/250 2026-08-14 22:32 by 4wMiSEwB6436
[硕博家园] 请教兼职经验 +3 是阿文鸭 2026-08-09 3/150 2026-08-14 12:07 by HER12025
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[文学芳草园] 阿姨 +4 汪汪锅 2026-08-09 4/200 2026-08-13 19:43 by arzu_hma
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？ +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭