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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 菜鸟求助。用gromacs的什么指令可以分析氢键能大小？
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三木713

新虫 (小有名气)

[求助] 菜鸟求助。用gromacs的什么指令可以分析氢键能大小？ 已有2人参与

用gromacs的什么指令可以分析氢键能大小？？怎么分析啊？
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1楼 2014-02-19 10:58:28
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三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-02-19 19:05:12
可以使用catdcd工具将gromacs的轨迹输出成amber的轨迹格式后
使用ambertools里面的轨迹分析工具进行分析氢键能量

好的，我先去试一试，不懂得再请教你，谢谢
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4楼2014-02-20 08:52:51
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三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 870277182 at 2014-02-19 21:30:48
gromacs好像不能单独的分析氢键的能量，可以md -rerun，重跑了能量文件，然后用g_energy分析能量

能说的在具体一点么，，，十分感谢啊
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5楼2014-02-20 08:53:24
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三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 870277182 at 2014-02-19 21:30:48
gromacs好像不能单独的分析氢键的能量，可以md -rerun，重跑了能量文件，然后用g_energy分析能量

可以给一个指令的模板么、、、需要输入什么输出什么文件、、跪拜、、
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7楼2014-02-24 19:25:35
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