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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 菜鸟求助。用gromacs的什么指令可以分析氢键能大小？
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三木713

新虫 (小有名气)

[求助] 菜鸟求助。用gromacs的什么指令可以分析氢键能大小？ 已有2人参与

用gromacs的什么指令可以分析氢键能大小？？怎么分析啊？
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1楼 2014-02-19 10:58:28
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smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-02-19 21:13:50
三木713: 金币+4, ★★★★★最佳答案 2014-02-20 08:52:21
本帖内容被屏蔽
2楼2014-02-19 19:05:12
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870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-20 08:22:44
三木713: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-02-20 08:53:04
gromacs好像不能单独的分析氢键的能量，可以md -rerun，重跑了能量文件，然后用g_energy分析能量
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3楼2014-02-19 21:30:48
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三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-02-19 19:05:12
可以使用catdcd工具将gromacs的轨迹输出成amber的轨迹格式后
使用ambertools里面的轨迹分析工具进行分析氢键能量

好的，我先去试一试，不懂得再请教你，谢谢
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4楼2014-02-20 08:52:51
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三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 870277182 at 2014-02-19 21:30:48
gromacs好像不能单独的分析氢键的能量，可以md -rerun，重跑了能量文件，然后用g_energy分析能量

能说的在具体一点么，，，十分感谢啊
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5楼2014-02-20 08:53:24
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870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-20 21:52:44
引用回帖:
5楼: Originally posted by 三木713 at 2014-02-20 08:53:24
能说的在具体一点么，，，十分感谢啊...

就是mdrun  下边有一个-rerun，然后你得生成一个新的能量文件，比较复杂的，一句话两句话说不清数，包括参数文件什么的都要自己修改，生成新的tpr文件，然后就可以用g-energy 分析了
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6楼2014-02-20 12:29:21
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三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 870277182 at 2014-02-19 21:30:48
gromacs好像不能单独的分析氢键的能量，可以md -rerun，重跑了能量文件，然后用g_energy分析能量

可以给一个指令的模板么、、、需要输入什么输出什么文件、、跪拜、、
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7楼2014-02-24 19:25:35
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