24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 2977  |  回复: 12

老菜子

铁虫 (初入文坛)

[求助] lammps-vmd可视化问题

请问一下我把lammps的xyz文件导入到vmd中,但是由于周期性导致最上面的原子和最下面的原子连接起来,看起来很混乱,请问怎么解决。

lammps-vmd可视化问题
N[O3D$16SC10D53FJWNP5F6.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

男儿志在四方岂能焉在闺房
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

老菜子

铁虫 (初入文坛)

刚提问然后自己就解决了
男儿志在四方岂能焉在闺房
2楼2014-04-23 21:21:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

huzi2359

金虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 老菜子 at 2014-04-23 21:21:06
刚提问然后自己就解决了

怎么解决的呢,LZ。
╮(╯▽╰)╭这孩子没什么擅长的
3楼2014-04-24 09:07:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

老菜子

铁虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+5, 感谢分享研究成果! 2014-04-24 18:20:06
引用回帖:
3楼: Originally posted by huzi2359 at 2014-04-24 09:07:08
怎么解决的呢,LZ。...

用 unwrap
男儿志在四方岂能焉在闺房
4楼2014-04-24 09:25:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jfyh2008

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 老菜子 at 2014-04-24 09:25:03
用 unwrap

请问你用的unwrap是另外一个软件吗?还是在VMD中的插件呀,可以具体阐述一下吗?我也有这个问题,谢谢
5楼2014-05-12 11:02:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 老菜子 at 2014-04-24 09:25:03
用 unwrap

请问楼主,能说具体一点吗?我也遇到这个问题,不知道怎么弄呢?
6楼2014-09-01 08:47:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by jfyh2008 at 2014-05-12 11:02:35
请问你用的unwrap是另外一个软件吗?还是在VMD中的插件呀,可以具体阐述一下吗?我也有这个问题,谢谢...

请问你的问题解决了吗?我也遇到你的问题不知道怎么办呢,能否赐教?
7楼2014-09-01 08:48:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 老菜子 at 2014-04-24 09:25:03
用 unwrap

请问楼主是用 dump dcd 和 dump_modify  unwrap 命令来实现吗?
8楼2014-09-01 09:45:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiangtao9571

新虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-09-01 09:45:37
请问楼主是用 dump dcd 和 dump_modify  unwrap 命令来实现吗?...

其实有更好的办法,我从一开始到现在用了5年半,写一个tcl读取键文件即可得到最真实的化学键。不过粗略看一下结果的话可以先限制坐标即可。
9楼2014-09-01 10:05:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by jiangtao9571 at 2014-09-01 10:05:30
其实有更好的办法,我从一开始到现在用了5年半,写一个tcl读取键文件即可得到最真实的化学键。不过粗略看一下结果的话可以先限制坐标即可。...

您说的tcl是一段程序吗?
10楼2014-09-01 10:24:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 老菜子 的主题更新
信息提示
请填处理意见