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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps-vmd可视化问题
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老菜子

铁虫 (初入文坛)

[求助] lammps-vmd可视化问题

请问一下我把lammps的xyz文件导入到vmd中，但是由于周期性导致最上面的原子和最下面的原子连接起来，看起来很混乱，请问怎么解决。

lammps-vmd可视化问题
N[O3D$16SC10D53FJWNP5F6.jpg
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男儿志在四方岂能焉在闺房
1楼 2014-04-23 21:02:08
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老菜子

铁虫 (初入文坛)
刚提问然后自己就解决了
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男儿志在四方岂能焉在闺房
2楼2014-04-23 21:21:06
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普通回帖

huzi2359

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 老菜子 at 2014-04-23 21:21:06
刚提问然后自己就解决了

怎么解决的呢，LZ。
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╮(╯▽╰)╭这孩子没什么擅长的
3楼2014-04-24 09:07:08
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老菜子

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+5, 感谢分享研究成果！ 2014-04-24 18:20:06
引用回帖:
3楼: Originally posted by huzi2359 at 2014-04-24 09:07:08
怎么解决的呢，LZ。...

用 unwrap
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男儿志在四方岂能焉在闺房
4楼2014-04-24 09:25:03
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jfyh2008

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 老菜子 at 2014-04-24 09:25:03
用 unwrap

请问你用的unwrap是另外一个软件吗？还是在VMD中的插件呀，可以具体阐述一下吗？我也有这个问题，谢谢
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5楼2014-05-12 11:02:35
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 老菜子 at 2014-04-24 09:25:03
用 unwrap

请问楼主，能说具体一点吗？我也遇到这个问题，不知道怎么弄呢？
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6楼2014-09-01 08:47:33
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jfyh2008 at 2014-05-12 11:02:35
请问你用的unwrap是另外一个软件吗？还是在VMD中的插件呀，可以具体阐述一下吗？我也有这个问题，谢谢...

请问你的问题解决了吗？我也遇到你的问题不知道怎么办呢，能否赐教？
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7楼2014-09-01 08:48:10
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 老菜子 at 2014-04-24 09:25:03
用 unwrap

请问楼主是用 dump dcd 和 dump_modify  unwrap 命令来实现吗？
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8楼2014-09-01 09:45:37
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jiangtao9571

新虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-09-01 09:45:37
请问楼主是用 dump dcd 和 dump_modify  unwrap 命令来实现吗？...

其实有更好的办法，我从一开始到现在用了5年半，写一个tcl读取键文件即可得到最真实的化学键。不过粗略看一下结果的话可以先限制坐标即可。
赞一下 回复此楼
9楼2014-09-01 10:05:30
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by jiangtao9571 at 2014-09-01 10:05:30
其实有更好的办法，我从一开始到现在用了5年半，写一个tcl读取键文件即可得到最真实的化学键。不过粗略看一下结果的话可以先限制坐标即可。...

您说的tcl是一段程序吗？
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10楼2014-09-01 10:24:12
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