24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 3203  |  回复: 12

老菜子

铁虫 (初入文坛)

[求助] lammps-vmd可视化问题

请问一下我把lammps的xyz文件导入到vmd中,但是由于周期性导致最上面的原子和最下面的原子连接起来,看起来很混乱,请问怎么解决。

lammps-vmd可视化问题
N[O3D$16SC10D53FJWNP5F6.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

男儿志在四方岂能焉在闺房
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

老菜子

铁虫 (初入文坛)

刚提问然后自己就解决了
男儿志在四方岂能焉在闺房
2楼2014-04-23 21:21:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

huzi2359

金虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 老菜子 at 2014-04-23 21:21:06
刚提问然后自己就解决了

怎么解决的呢,LZ。
╮(╯▽╰)╭这孩子没什么擅长的
3楼2014-04-24 09:07:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

老菜子

铁虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+5, 感谢分享研究成果! 2014-04-24 18:20:06
引用回帖:
3楼: Originally posted by huzi2359 at 2014-04-24 09:07:08
怎么解决的呢,LZ。...

用 unwrap
男儿志在四方岂能焉在闺房
4楼2014-04-24 09:25:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jfyh2008

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 老菜子 at 2014-04-24 09:25:03
用 unwrap

请问你用的unwrap是另外一个软件吗?还是在VMD中的插件呀,可以具体阐述一下吗?我也有这个问题,谢谢
5楼2014-05-12 11:02:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 老菜子 at 2014-04-24 09:25:03
用 unwrap

请问楼主,能说具体一点吗?我也遇到这个问题,不知道怎么弄呢?
6楼2014-09-01 08:47:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by jfyh2008 at 2014-05-12 11:02:35
请问你用的unwrap是另外一个软件吗?还是在VMD中的插件呀,可以具体阐述一下吗?我也有这个问题,谢谢...

请问你的问题解决了吗?我也遇到你的问题不知道怎么办呢,能否赐教?
7楼2014-09-01 08:48:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 老菜子 at 2014-04-24 09:25:03
用 unwrap

请问楼主是用 dump dcd 和 dump_modify  unwrap 命令来实现吗?
8楼2014-09-01 09:45:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiangtao9571

新虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-09-01 09:45:37
请问楼主是用 dump dcd 和 dump_modify  unwrap 命令来实现吗?...

其实有更好的办法,我从一开始到现在用了5年半,写一个tcl读取键文件即可得到最真实的化学键。不过粗略看一下结果的话可以先限制坐标即可。
9楼2014-09-01 10:05:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by jiangtao9571 at 2014-09-01 10:05:30
其实有更好的办法,我从一开始到现在用了5年半,写一个tcl读取键文件即可得到最真实的化学键。不过粗略看一下结果的话可以先限制坐标即可。...

您说的tcl是一段程序吗?
10楼2014-09-01 10:24:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 老菜子 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿哈工大 085600 277 12材科基求调剂 5+5 chenny174 2026-04-10 31/1550 2026-04-12 19:23 by qingfeng258
[考研] 一志愿双非085400电子信息344 求调剂,对材料和化学方向也感兴趣 +11 无情的小羊 2026-04-09 12/600 2026-04-12 17:41 by 686666
[考研] 求调剂 +16 张番茄不炒蛋 2026-04-10 17/850 2026-04-12 13:58 by 熬夜成!
[考研] 290求调剂 +13 luoziheng 2026-04-10 13/650 2026-04-11 23:15 by labixiaoqiao
[考研] 271求调剂 +20 2261744733 2026-04-11 22/1100 2026-04-11 23:14 by labixiaoqiao
[考研] 求调剂 +11 月@163.com 2026-04-07 13/650 2026-04-11 22:55 by BruceLiu320
[考研] 材料工程日语考生求调剂 +7 0856?调剂 2026-04-10 7/350 2026-04-11 21:33 by 蓝云思雨
[考研] 283求调剂 086004考英二数二 +17 那个噜子 2026-04-10 18/900 2026-04-11 16:27 by 明月此时有
[考研] 288求调剂 +15 代fish 2026-04-09 16/800 2026-04-11 10:26 by wwj2530616
[考研] 材料与化工调剂 10+11 下一站上岸@ 2026-04-10 36/1800 2026-04-11 10:26 by 89436494
[考研] 297求调剂 +9 Kwgyz 2026-04-09 9/450 2026-04-11 10:09 by zhq0425
[考研] 考研调剂 +26 硕星赴 2026-04-09 27/1350 2026-04-10 22:24 by 猪会飞
[考研] 071000生物学调剂求助 +17 zzzzwww 2026-04-09 20/1000 2026-04-10 15:55 by 求调剂zz
[考研] 282,电气工程专业,求调剂,不挑专业 +9 jggshjkkm 2026-04-10 9/450 2026-04-10 14:55 by 逆水乘风
[考研] 材料299专硕求调剂 +10 +21 2026-04-09 10/500 2026-04-09 17:34 by 1753564080
[考研] 考研调剂 +13 冰冰,,, 2026-04-07 13/650 2026-04-09 17:01 by Lilly_Li
[考研] 求调剂 +3 猪肉墩粉条cc 2026-04-08 4/200 2026-04-09 10:05 by 猪肉墩粉条cc
[考研] 353求调剂 +8 晴空万里air 2026-04-07 8/400 2026-04-09 00:18 by GouQ
[考研] 一志愿华南师范大学0702物理学305调剂 +4 念常安 2026-04-07 6/300 2026-04-08 22:53 by bljnqdcc
[考研] 生物学学硕求调剂:351分一志愿南京师范大学生物学专业 +6 …~、王…~ 2026-04-06 7/350 2026-04-06 18:54 by macy2011
信息提示
请填处理意见