版块导航: 正在加载中...

客户端APP下载

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

>虫友互识 (5780)
>论坛更新日志 (3441)
>留学DIY (3103)
>留学生活 (2461)
>海外博后 (1486)
>育儿交流 (1200)
>海归之家 (1000)
>医药类考试 (1000)
>材料综合 (799)
>人文社科 (798)
>信息科学 (760)
>复合材料 (658)
>地学 (640)
>文学芳草园 (601)
>转基因 (600)
>我与小木虫的故事 (600)

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

老菜子

铁虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 32
散金: 148
帖子: 39
在线: 63.2小时
虫号: 2450911
注册: 2013-05-06
性别: GG
专业: 理论和计算化学

[求助] lammps-vmd可视化问题

请问一下我把lammps的xyz文件导入到vmd中，但是由于周期性导致最上面的原子和最下面的原子连接起来，看起来很混乱，请问怎么解决。

lammps-vmd可视化问题

N[O3D$16SC10D53FJWNP5F6.jpg

» 猜你喜欢

欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律已经有52人回复
时间戳又变了8-15 已经有7人回复
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急已经有5人回复
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急已经有9人回复
哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？已经有6人回复
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急已经有6人回复
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急已经有7人回复
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急已经有5人回复
filecode 已经有11人回复
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急已经有5人回复

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

lammps的in文件错误求助已经有6人回复
怎样生成movie文件已经有6人回复
运行lammps出现错误已经有4人回复
求模拟软件安装包已经有8人回复
径向分布函数与键长的关系已经有6人回复
如何把lammps的轨迹文件转化为视频呢？已经有3人回复
跑完Gromacs的动力学模拟之后的轨迹文件.trr里面没有内容，为什么？已经有4人回复
分子动力学软件的选择？已经有8人回复
请问一步有500百万个原子的lammps构型文件用什么软件可以可视化显示？已经有8人回复
关于运行lammps计算是的问题已经有4人回复
lammps文件可视化问题已经有14人回复
导入VMD中的错误提示已经有7人回复
分子动力学模拟时如何利用周期性边界条件？？已经有5人回复
VMD怎么显示模拟盒子的边界？已经有6人回复
关于VMD可视化的问题已经有5人回复
lammps可视化？已经有5人回复
有关Lammps模拟可视化问题已经有7人回复
【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享” 已经有82人回复
【求助】RDF分析-lammps 已经有12人回复
【讨论】lammps中利用velocity命令无法控制住速度问题已经有11人回复
【原创】期待您的加盟：长期招聘实习版主和专家顾问已经有18人回复

男儿志在四方岂能焉在闺房

1楼 2014-04-23 21:02:08

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

jiangtao9571

新虫 (正式写手)

应助: 4 (幼儿园)
金币: 238.2
散金: 1046
红花: 1
帖子: 454
在线: 236.2小时
虫号: 706996
注册: 2009-02-23
专业: 高分子材料结构与性能

引用回帖:

8楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-09-01 09:45:37
请问楼主是用 dump dcd 和 dump_modify unwrap 命令来实现吗？...

其实有更好的办法，我从一开始到现在用了5年半，写一个tcl读取键文件即可得到最真实的化学键。不过粗略看一下结果的话可以先限制坐标即可。

9楼2014-09-01 10:05:30

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 13 个回答

老菜子

铁虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 32
散金: 148
帖子: 39
在线: 63.2小时
虫号: 2450911
注册: 2013-05-06
性别: GG
专业: 理论和计算化学

刚提问然后自己就解决了

赞一下(1人)

男儿志在四方岂能焉在闺房

2楼2014-04-23 21:21:06

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

huzi2359

金虫 (著名写手)

应助: 7 (幼儿园)
金币: 1052.6
散金: 1268
红花: 6
帖子: 1012
在线: 263.9小时
虫号: 1770539
注册: 2012-04-21
性别: GG
专业: 力学中的基本问题和方法

引用回帖:

2楼: Originally posted by 老菜子 at 2014-04-23 21:21:06
刚提问然后自己就解决了

怎么解决的呢，LZ。

╮(╯▽╰)╭这孩子没什么擅长的

3楼2014-04-24 09:07:08

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

老菜子

铁虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 32
散金: 148
帖子: 39
在线: 63.2小时
虫号: 2450911
注册: 2013-05-06
性别: GG
专业: 理论和计算化学

★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+5, 感谢分享研究成果！ 2014-04-24 18:20:06

引用回帖:

3楼: Originally posted by huzi2359 at 2014-04-24 09:07:08
怎么解决的呢，LZ。...

用 unwrap

男儿志在四方岂能焉在闺房

4楼2014-04-24 09:25:03

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 13 个回答

最具人气热帖推荐 [查看全部]		作者	回/看	最后发表

	[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +25	医学老男孩 2026-08-13	52/2600	2026-08-15 11:49 by 大快人心啦
	[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5	HFw0lei2R37i 2026-08-14	9/450	2026-08-15 11:33 by KxMI1BYBxWX1
	[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +6	Ldrop2023 2026-08-13	6/300	2026-08-15 10:09 by tuanggou
	[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3	k0dTPqJtl0jt 2026-08-14	5/250	2026-08-15 07:09 by 4wMiSEwB6436
	[基金申请] filecode +7	cratir 2026-08-14	11/550	2026-08-15 06:19 by 学员8dgXkO
	[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3	HFw0lei2R37i 2026-08-14	4/200	2026-08-15 04:17 by 4wMiSEwB6436
	[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +11	Tide man 2026-08-10	12/600	2026-08-15 02:12 by home3163
	[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3	HFw0lei2R37i 2026-08-14	7/350	2026-08-15 00:40 by 4wMiSEwB6436
	[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +4	yuleib84 2026-08-11	4/200	2026-08-14 23:05 by lfy8008
	[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +23	Lanmanbaby 2026-08-09	37/1850	2026-08-14 13:40 by Equinoxhua
	[基金申请] FileCode能看出啥？ +10	要乐观耀哥 2026-08-10	32/1600	2026-08-14 09:37 by 要乐观耀哥
	[基金申请] 我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人 +10	家与远方 2026-08-10	15/750	2026-08-14 02:08 by 绵羊哥哥
	[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10	瞬息宇宙 2026-08-12	10/500	2026-08-13 15:46 by likettle
	[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3	Tide man 2026-08-12	4/200	2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
	[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11	Tide man 2026-08-11	11/550	2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
	[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？ +11	yufeiwaner 2026-08-09	13/650	2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
	[基金申请] 帮忙看看fileCode +7	wwncly 2026-08-10	13/650	2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
	[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3	Tide man 2026-08-11	3/150	2026-08-11 17:54 by kudofaye
	[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7	瞬息宇宙 2026-08-10	8/400	2026-08-10 12:42 by Vivilian
	[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6	爱看书的可乐 2026-08-08	7/350	2026-08-08 22:13 by a_niu