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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求助如何分析gromacs 轨迹中，小分子配基质心与蛋白表面最近的重原子的距离随时间变化
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sqfn

金虫 (正式写手)

[求助] 求助如何分析gromacs 轨迹中，小分子配基质心与蛋白表面最近的重原子的距离随时间变化 已有1人参与

万能的小木虫，求助各位大神

g_dist能分析小分子配基和蛋白质心之间的距离
g_minidist能分析小分子配基和蛋白上最近原子的之间的距离

不知道小分子配基质心与蛋白表面最近的重原子的距离随时间变化 采用哪个命令，如何设置参数？

谢谢
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1楼 2014-05-16 08:03:31
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sqfn: 金币+5, ★有帮助 2014-05-16 19:45:34
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 20:24:08
sqfn: 金币+45, ★★★很有帮助 2014-05-19 20:09:41
这个直接写个程度从xtc文件里算应该不麻烦吧
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gromacs
2楼2014-05-16 10:29:03
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sqfn

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2014-05-16 10:29:03
这个直接写个程度从xtc文件里算应该不麻烦吧

不会呀，大侠写过类似的脚本？
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3楼2014-05-16 19:45:17
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fangsteel

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by sqfn at 2014-05-16 19:45:17
不会呀，大侠写过类似的脚本？...

不是脚本，就是个读xtc的原子坐标数据然后算一下而已，你要是要的话我这边有个读xtc的。h头文件给你
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gromacs
4楼2014-05-16 21:28:31
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sqfn

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2014-05-16 21:28:31
不是脚本，就是个读xtc的原子坐标数据然后算一下而已，你要是要的话我这边有个读xtc的。h头文件给你...

发我试试看，谢谢啦
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5楼2014-05-16 21:32:45
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fangsteel

木虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 18:59:39
引用回帖:
5楼: Originally posted by sqfn at 2014-05-16 21:32:45
发我试试看，谢谢啦...

include到C里面去
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    • 2014-05-19 14:28:13, 76.87 K
gromacs
6楼2014-05-19 14:28:42
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青青白白123

新虫 (小有名气)
你好 请问质心距离怎么计算啊？
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7楼2018-04-08 09:33:26
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