24小时热门版块排行榜    

查看: 2163  |  回复: 5

wungung

金虫 (初入文坛)

[求助] gromacs安装后无法使用 已有5人参与

我已经安装好gromacs了,但是安装后按照教程实例跑项目,不能用。我输入命令pdb2gmx,界面显示:bash:pdb2gmx:command not found...

是不是我的软件没有安装好呀?还是路径的问题呀?哪位可以帮个忙呢?

PS:我的安装过程:
root账户下tar xfz gromacs-4.6.3.tar.gz
              cd gromacs-4.6.3
              mkdir build
              cd build
              cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON
              make
              sudo make install

安装应该是没有问题吧……
如果是路径问题的话应该怎么解决呢?

谢谢了!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smutao

禁虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wungung: 金币+20, 感谢! 2014-03-21 11:12:55
月只蓝: 金币+2, 专家考核, 感谢指导! 2014-03-21 16:28:12
本帖内容被屏蔽

2楼2014-03-20 16:59:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhenwuhuang

至尊木虫 (文学泰斗)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wungung: 金币+1 2014-03-21 11:14:22
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-21 16:28:17
3楼2014-03-20 17:04:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

psfan

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wungung: 金币+2 2014-03-21 11:14:30
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-21 16:28:23
路径问题,环境变量要导入,否则一些编译库都找不到。记得有gromacs.profile
4楼2014-03-20 17:18:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lisuperyao

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wungung: 金币+5, 感谢! 2014-03-21 11:14:09
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2014-03-21 16:28:29
你还没有设环境变量吧
在主目录下有一个文件
网上很多教程
5楼2014-03-20 17:35:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

旺仔小馒头01

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wungung: 金币+20, 感谢! 2014-03-21 11:13:22
月只蓝: 金币+3, 感谢指导! 2014-03-21 16:28:35
应该是没有添加环境变量的原因:
进入自己使用账号的主目录,打开.bash_history或者.bashrc文件,在文件最后面添加GROMACS的路径
例如:
export PATH=/usr/local/gromacs/bin:$PATH    -------找到自己对应的安装目录,照这个格式改
保存后重新登录,应该就可以了。
我也来这学习啦,希望大家多多指教。
6楼2014-03-20 21:20:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wungung 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 h4CP7TrQR8Lg 2026-08-22 5/250 2026-08-23 12:09 by LR9qGULyN2ew
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 10/500 2026-08-23 07:17 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 4/200 2026-08-23 04:04 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 5/250 2026-08-23 03:52 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 6/300 2026-08-23 03:40 by OEbVnUOu01ol
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 3/150 2026-08-23 00:55 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +10 kulium 2026-08-21 13/650 2026-08-21 21:58 by alongwaytogo
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
信息提示
请填处理意见