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wungung

金虫 (初入文坛)

[求助] gromacs安装后无法使用 已有5人参与

我已经安装好gromacs了,但是安装后按照教程实例跑项目,不能用。我输入命令pdb2gmx,界面显示:bash:pdb2gmx:command not found...

是不是我的软件没有安装好呀?还是路径的问题呀?哪位可以帮个忙呢?

PS:我的安装过程:
root账户下tar xfz gromacs-4.6.3.tar.gz
              cd gromacs-4.6.3
              mkdir build
              cd build
              cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON
              make
              sudo make install

安装应该是没有问题吧……
如果是路径问题的话应该怎么解决呢?

谢谢了!
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smutao

禁虫 (著名写手)

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wungung: 金币+20, 感谢! 2014-03-21 11:12:55
月只蓝: 金币+2, 专家考核, 感谢指导! 2014-03-21 16:28:12
本帖内容被屏蔽

2楼2014-03-20 16:59:47
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zhenwuhuang

至尊木虫 (文学泰斗)

【答案】应助回帖

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wungung: 金币+1 2014-03-21 11:14:22
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3楼2014-03-20 17:04:10
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psfan

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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wungung: 金币+2 2014-03-21 11:14:30
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-21 16:28:23
路径问题,环境变量要导入,否则一些编译库都找不到。记得有gromacs.profile
4楼2014-03-20 17:18:21
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lisuperyao

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

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wungung: 金币+5, 感谢! 2014-03-21 11:14:09
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2014-03-21 16:28:29
你还没有设环境变量吧
在主目录下有一个文件
网上很多教程
5楼2014-03-20 17:35:23
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旺仔小馒头01

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
wungung: 金币+20, 感谢! 2014-03-21 11:13:22
月只蓝: 金币+3, 感谢指导! 2014-03-21 16:28:35
应该是没有添加环境变量的原因:
进入自己使用账号的主目录,打开.bash_history或者.bashrc文件,在文件最后面添加GROMACS的路径
例如:
export PATH=/usr/local/gromacs/bin:$PATH    -------找到自己对应的安装目录,照这个格式改
保存后重新登录,应该就可以了。
我也来这学习啦,希望大家多多指教。
6楼2014-03-20 21:20:26
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