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gromacs编译安装 已有8人参与
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gromacs是一款优秀的分子动力学模拟软件，版本已更新至4.6.3 。版本的更新无疑会带来效率的提升，然而，新版本对系统和编译器都有着更高的要求。对于一台运行已久的老服务器，没有权限的情况下基本不可能更新系统和编译器，这时候就需要另外安装较新版本的编译器来编译安装gromacs，Intel就是一个很好的选择。下面我就自己多次的编译安装经验，叙述一下gromacs的安装过程和注意事项。 系统现状： 系统版本：Red Hat Enterprise Linux WS release 4 内核版本：Linux-2.6.9-42-X86_64 编译器：gcc-3.4.6 和 gcc-4.1.0 步骤 1. 安装新的编译器： l_ccompxe_2013.3.163 （可到Intel官网申请免费版） 安装很简单，按要求选即可，licence在申请后回复的邮件里。记得安装完后导入相关环境变量：source /安装目录/bin/compilervars.sh intel64 2. 安装并行软件包：openmpi-1.6.4 (我试了1.6.5的，在我的服务器上不好用，出现这种情况建议大家换几个版本试试） 安装前务必导入环境变量CC和CXX来指定Intel编译器：export CC=icc，export CXX=icpc，然后coufigure，make， make install。 3. 编译安装gromacs-4.6.3 安装前务必导入环境变量CC和CXX来指定Intel编译器：export CC=icc，export CXX=icpc。由于Intel的数学库函数不全，gromacs编译过程中会用到gcc数学库中的函数，用LDFLAGS环境变量来指定：export LDFLAGS=“-limf -lm”，编译过程中Intel编译器会报warning #10315: specifying -lm before files may supercede the Intel(R) math library and affect performance，不过是说用了其他库会降低效率，可以忽略。编译安装用下面三个命令： cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_MPI=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/安装路径/gromacs-4.6.3 make make install 注意：使用-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON选项时，编译过程中会联网下载fftw，所以要保证电脑能连接到网络，如果使用的服务器无法连接外网，需要自己先安装fftw，然后再安装gromacs。 以上是对多次安装经历的简单总结，可能你在安装中会遇到各种不同的问题，欢迎一起交流解决。 |
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 高分子学习--qlh | 分子动力学 |
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5楼2013-08-15 14:31:41
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6楼2013-12-27 10:43:37
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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-28 20:47:31
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送红花一朵月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-28 20:47:31
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tar xfz gromacs-4.6.5.tar.gz cd gromacs-4.6.5 mkdir build cd build cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON make sudo make install Is it complete? Could you tell me how to find executable file ?just like exe under windows? sorry ,I still don't have chinese input enthod. thank you |
7楼2014-03-24 19:48:53
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月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-03-28 20:47:43
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-03-28 20:47:43
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You can use -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/path/to/your/installation/dir to specify a custom directory for Gromacs. If you didn't using this option, the Gromacs must be installed in the default directory(perhaps /usr/local/gromacs-4.6.5 in most linux system). Hope this helps! |
8楼2014-03-28 15:53:27
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