| 查看: 2784 | 回复: 11 | |||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||
[交流]
gromacs编译安装已有8人参与
|
|||||
|
gromacs是一款优秀的分子动力学模拟软件，版本已更新至4.6.3 。版本的更新无疑会带来效率的提升，然而，新版本对系统和编译器都有着更高的要求。对于一台运行已久的老服务器，没有权限的情况下基本不可能更新系统和编译器，这时候就需要另外安装较新版本的编译器来编译安装gromacs，Intel就是一个很好的选择。下面我就自己多次的编译安装经验，叙述一下gromacs的安装过程和注意事项。 系统现状： 系统版本：Red Hat Enterprise Linux WS release 4 内核版本：Linux-2.6.9-42-X86_64 编译器：gcc-3.4.6 和 gcc-4.1.0 步骤 1. 安装新的编译器： l_ccompxe_2013.3.163 （可到Intel官网申请免费版） 安装很简单，按要求选即可，licence在申请后回复的邮件里。记得安装完后导入相关环境变量：source /安装目录/bin/compilervars.sh intel64 2. 安装并行软件包：openmpi-1.6.4 (我试了1.6.5的，在我的服务器上不好用，出现这种情况建议大家换几个版本试试） 安装前务必导入环境变量CC和CXX来指定Intel编译器：export CC=icc，export CXX=icpc，然后coufigure，make， make install。 3. 编译安装gromacs-4.6.3 安装前务必导入环境变量CC和CXX来指定Intel编译器：export CC=icc，export CXX=icpc。由于Intel的数学库函数不全，gromacs编译过程中会用到gcc数学库中的函数，用LDFLAGS环境变量来指定：export LDFLAGS=“-limf -lm”，编译过程中Intel编译器会报warning #10315: specifying -lm before files may supercede the Intel(R) math library and affect performance，不过是说用了其他库会降低效率，可以忽略。编译安装用下面三个命令： cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_MPI=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/安装路径/gromacs-4.6.3 make make install 注意：使用-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON选项时，编译过程中会联网下载fftw，所以要保证电脑能连接到网络，如果使用的服务器无法连接外网，需要自己先安装fftw，然后再安装gromacs。 以上是对多次安装经历的简单总结，可能你在安装中会遇到各种不同的问题，欢迎一起交流解决。 |
回复此楼» 收录本帖的淘贴专辑推荐
 高分子学习--qlh | 分子动力学 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
» 猜你喜欢
恳请大家帮我看看如何提高
已经有6人回复
-
出结果了
已经有22人回复
-
蹲! 希望今天能有大红奖状
已经有10人回复
-
2024年度国家资助博士后研究人员计划（B、C 档）也不知道什么时候出
已经有14人回复
-
过柱子，产品，杂质在是 pe:ea=100:1 也一起出来？
已经有6人回复
-
我劝基金委要善良+一个大胆的设想
已经有11人回复
-
对象没有，还非常想读博，难以抉择
已经有57人回复
-
蹲CSC结果，会延迟到七月初吗？
已经有6人回复
-
2024上会名单已出
已经有4人回复
-
75批博后基金
已经有37人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- gromacs4.5.5安装出错 configure: error: cannot compute sizeof (off_t)
已经有3人回复
- gromacs安装出错求助
已经有4人回复
- Ubuntu 12.10中的量子软件，cp2k并行版的一键安装
已经有17人回复
- Gromacs 4.5.5安装记录
已经有5人回复
- gmx安装fftw时出现could not find mpi library for --enable-mpi
已经有5人回复
- 用ICC还是GCC编译？
已经有3人回复
- 在ubuntu下安装gromacs
已经有18人回复
- AMBER11+AmberTool1.5安装出错（ 显卡型号GTX680）
已经有6人回复
- GROMACS安装时总是出现configure: error: Unknown FFT library，请问是什么原因
已经有9人回复
- gromacs 中mdrun命令
已经有3人回复
- cygwin系统之下安装abinite不知什么原因出错了？
已经有6人回复
- 求Gromacs中Glycam力场数据包。。非常感谢
已经有5人回复
- gromacs修改源码，是编译前修改，还是编译后修改？
已经有4人回复
- 【求助】polyrate 和 gaussrate 安装求助
已经有23人回复
- 【求助】lammps安装过程中，在安装fftw的过程中遇到问题
已经有8人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
- 【交流】能否有小木虫版的linux？
已经有16人回复
- 【求助】fedora中LAMMPS编译问题
已经有4人回复
- 【求助】安装abinit-6.2.3出现的新问题？请教
已经有5人回复
- 【求助】请教TB-LMTO
已经有7人回复
- 【ghcacj个人文集】单机环境下安装openmpi使用Orca并行运算的方法介绍
已经有12人回复
- 【求助】请教NAMD安装问题
已经有5人回复
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-28 20:47:31
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-28 20:47:31
|
tar xfz gromacs-4.6.5.tar.gz cd gromacs-4.6.5 mkdir build cd build cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON make sudo make install Is it complete? Could you tell me how to find executable file ?just like exe under windows? sorry ,I still don't have chinese input enthod. thank you |
7楼2014-03-24 19:48:53
10