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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gmx安装fftw时出现could not find mpi library for --enable-mpi
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little_lion

木虫 (小有名气)

[求助] gmx安装fftw时出现could not find mpi library for --enable-mpi

(1) 解压缩fftw，lam-mpi，gromacs源码
     tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz
     tar –zxvf gromacs-3.3.1.tar.gz
     tar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz

(2) 编译lam-mpi
     cd lam-7.1.3 ./configure --prefix=/home/lam-7.1.3 --without-fc --with-rsh="ssh-x"   
     make
     make install
     注：--without-fc是不编译mpif77，可以去掉

(3) 添加mpi环境变量
      export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin ( append to .bashrc)

(4) 编译fftw单双精度版
     cd fftw-3.1.2
     ./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2
按上面的步骤执行到最后一步的时候出现could not find mpi library for --enable-mpi，介是神马问题捏?
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1楼 2012-08-27 15:31:08
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bamboo_

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-08-28 08:35:15
你的MPI不是安装在系统位置(/usr/lib)吧。

编译fftw时可以指定MPI库的路径吗？如果可以将路径指向你所安装的MPI的lib的位置。

也可以在LD_LIBRARY_PATH中加入你所安装的MPI lib的位置
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2楼2012-08-28 08:34:46
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wangyx07

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-08-29 16:50:18
我也是新手，装3.3.1也遇到这个问题，我改装gromacs4.5.5不用lam就好了
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3楼2012-08-29 16:31:30
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心出发

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2013-03-03 09:17:26
很高兴现在还有人在用我当初发的这个步骤，不过劝你还是用4.5，从速度上讲要快不少。
赞一下 回复此楼
4楼2012-10-06 19:01:17
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youngfi

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangyx07 at 2012-08-29 16:31:30
我也是新手，装3.3.1也遇到这个问题，我改装gromacs4.5.5不用lam就好了

gromacs4.5.5不需要安装lam?
赞一下 回复此楼
事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
5楼2013-02-26 21:19:34
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2013-03-03 09:17:33
用 --prefix选项安装的mpi   fftw是找不到的 除非你加选项来指定位置
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2013-02-27 09:47:37
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